在安徽天长干了三年县长，任期已满，包公升了官，被派到广东肇庆做市长(知端州)。肇庆出产砚台，所产端砚驰名天下，以往到这儿做官的人，临走都整车整车地装砚台，回去好给亲戚朋友以及朝廷要员送礼。包公不这么干，他在肇庆三年任满，一方砚台也不要，正应了徐志摩的那句诗：轻轻地我走了，正如我轻轻地来。
从广东回到京城，包公一路高升。首先，朝廷派他做“权三司度支判官”，这个官职，相当于财政部的一个司长。然后又做了“监察御史里行”，相当于监察部的一个司长。很快又升任“三司户部判官”，先后出任“京东转运使”、“陕西转运使”。北宋时，转运使是省级行政辖区最高行政长官，相当于省长或者省委书记。再然后，又回京城，做“三司户部副使”，相当于财政部副部长。
五十八岁那年，包公以龙图阁直学士、尚书省右司郎中的身份，在当时的首都开封做了一把手。这也就是戏曲和影视剧里说的“包公倒坐南衙开封府”。
包公戏一开场，黑脸老包都要来一句“包龙图打坐在开封府”，好像包公在开封做一把手做了很多年似的。事实上，包公在开封府只干了一年，就被重新调回中央，做了御史中丞、三司使和枢密副使。其中御史中丞相当于监察部部长，三司使相当于财政部部长，枢密副使相当于国防部副部长。
基本上，包公不管在哪个岗位上，都是清廉的、刚正的、得民心的好干部。在开封府当一把手时，还做过一些司法上的小改革，使案件不至于积压，使老百姓得以直接把诉状呈递到包公手里，而无需经过书吏和副职的上下其手。但是要说包公不考虑一点私情，判案时完全地一视同仁，也不太符合实情。
有两例可以探明。
章惇通奸案
章惇(此人后来在王安石变法期间飞黄腾达)中进士以后，有一段时间尚未做官，没有房子，寄居在开封市区某同族长辈家里。这人不老实，跟那个长辈的小妾私通，有一天被人撞破，吓得翻墙而出。从墙上跳下来时，不料一脚踩到一个靠墙根儿晒太阳的老太太脑袋上，把老太太踩得头破血流。那个长辈爱面子，没有告发章惇，被踩伤的老太太气不过，拽着章惇去开封府告了一状。当时包公正倒坐南衙，一审问，章惇是个新科进士，就没有定罪，让他赔老太太一点钱，劝两人私了而已。
众所周知，私通长辈之妻妾，属于“十恶不赦”之一，即使当事人没有告发，只要法官知道此事，就有责任定罪。而像这种“十恶”之罪，只要定罪，至少会在徒刑以上，并且不允许遵循议亲议贵之例给予“收赎”，换句话说，是不能让嫌疑人花钱免灾的。包公只问踩人案，不问通奸案，让章惇跟老太太私了，属于避重就轻，包庇罪犯。
章惇宋朝官员多由科举出身，不是举人，就是进士，他们对于举人、进士犯案，似乎总有些兔死狐悲物伤其类的感觉，能轻判则轻判，能不判则不判。《名公书判清明集》里有个类似的案例：某举人横行乡里，强奸邻人之妻，并使其怀孕，邻人告到衙门，该举人之弟竟然把告发者抓起来暴打，受理该案子的法官范应铃包庇举人弟兄，只判责打强奸犯二十小鞭，对于打人的那位，则“以爱兄之道”，不予处分。按照南宋法律，男子与有夫之妇通奸，必须劳改两年，如果是强奸，则可视情节轻重判以三年以上徒刑甚至死刑，范应铃是南宋名臣，不可能不懂这些规定，但他还是循礼而枉法，既轻判那个举人，又将其兄弟无罪释放。这种做法，在今天是要被网民掀翻天的，但是却被宋朝的主流舆论所允许，要不然也不会写进《名公书判清明集》，作为知名法官的经典案例来“教化”后人。
所以对于包公包庇章惇一事，咱们也无需苛求——在他那个时代，法律有时候小于情理，而包庇士大夫就是所谓的情理之一。
县民上访案
包公有个下属，名叫王尚恭，当时包公是开封市长，王尚恭是开封下辖原阳县(时称阳武县，现归河南新乡管辖)的县长。包公对王尚恭很喜爱，有种“你办事，我放心”的感觉。有一回，原阳县的几个老百姓进京上访，说本县领导如何徇私，如何害民，请包公给他们做主。包公一问，原来这几个老百姓要告的，是他的得意部下王尚恭，就不理会了，让人把那些访民赶出去，说：“你们王县长是个什么样的人，我最清楚，你们说的这些我统统不信！”
如果我们根据这件事情，认为包公在包庇下属，也许太过。但至少它能说明，包公未必永远“清如水、明如镜”，也会有犯浑的时候。
宋朝历代皇帝，除宋太宗外，对百姓上访都颇为支持，老百姓对本地县官如有不满，可以找州官、府官申诉，而州官、府官也必须受理。如果不受理，或者虽受理但处理不公，当事人还可以找转运使、按察使、本路提刑，乃至刑部、大理寺、御史台、登闻鼓院、登闻检院、军头引见司直至皇帝本人申诉。这中间，任何人、任何机关，不得以任何理由截访。所以说重一些，包公不受理访民的申诉，是有些徇情枉法的。
总的来说，包公是清官，不贪财，不恋权，不怕打击报复，活着时就受到百姓喜爱。但是也不可能永远不犯错，譬如说，有时候他也会包庇一些人。所以我认为，这是一个有弹性的清官，比之海瑞的过分刚直来，包公实在是灵活多了。虽然“灵活”未必总是好事儿。