《文汇报》记者徐作生亲自到江苏吴县去考察，发现了建文帝出亡时遗留下的一些遗迹、遗物，并结合文献资料，认为建文帝当年逃到了离南京并不远的苏州，溥洽和尚收留了他，藏于吴县普济寺内，不多久姚广孝归隐禅寺，在姚广孝的监护下，建文帝隐藏于穹窿山皇驾庵。明成祖朱棣的密探找到建文之后，成祖不愿意背负‘杀侄’的恶名，没有杀害建文，而是暗中将他继续幽禁了起来，直到1423年病殁于此，葬于庵后山坡上。这也只是另一种推测。
近几年有人自称建文帝后人，拿出《让氏家谱》，称建文帝通过地道逃离南京，假扮僧道，云游各地，后隐居于武昌，死后就葬在武昌洪山。这一说法还有待于进一步的验证。
明成祖朱棣为了粉饰夺取帝位的合法性，指使臣下销毁建文时期的历史档案，并明令严禁讨论此事。因此，对于《明太宗实录》的记载，难以核实其正确性。后世关于建文帝的记载许多已是传闻，所以清代学者万斯同就说：“明代野史之失实，无有如建文逊国一事。”即使到乾隆时，官方正式出版的《明史》，在写了建文帝焚死之后，又加上可能“由地道出亡”的推测，对于建文帝的下落也是模棱两可，留给后人的依然是一团迷雾。
与此同时，燕王朱棣为了摆脱篡位的嫌疑，必须否定建文帝的合法性。朱棣即位以后，就宣布革除建文年号，建文朝只称作“革除年间”。把建文四年改称洪武三十五年，接下来为永乐元年(1403)，表示他不是继承建文帝的帝位，而是直接继承太祖高皇帝的帝位。在官方实录的编纂上也如此，《明太祖实录》接下来就是《明太宗实录》，中间少了建文帝的实录，建文一朝的历史在明代官方历史记载中隐去不谈。并且在明永乐朝官方文献中，建文帝这位宽厚仁慈的帝王，被描述成一个数典忘祖、荒淫昏聩的人，不但曾亲手焚毁朱元璋及马皇后的遗像，拆毁后宫，大兴土木，还经常服食春药，药发后身边数名妇人都不足用，形像极为不堪。成祖朱棣如此歪曲事实，无非是为自己“靖难”夺位寻找合法理由而已。
朱棣之后，继位的皇帝中没有人正式承认建文的四年帝位;此后的正德、万历、崇祯年间，虽屡有大臣奏请追谥朱允炆庙号，但一直也没有实现。直到清乾隆元年(1736)，才给了他一个谥号——恭闵惠皇帝，史称惠帝。——灭十族的方孝孺鲁迅先生在《为了忘却的记念》中为了纪念柔石，曾将他与同乡台州的宁海方孝孺相提并论，说他有点台州式的硬气，还有点迂。时至今日，方孝孺仍是人们感叹的话题。一个曾经辅佐帝王，被世人称为“杀此人则天下读书种子绝”的一代才士，却惨遭灭十族。究竟是什么原因，让朱棣如此震怒以至于非要灭他十族呢？