《清史稿.后妃传》记载顺治帝有4后、14妃，共18人。顺治帝先后册立或追封四位皇后：第一位是废皇后，蒙古科尔沁部博尔济吉特氏，是他母亲的侄女。顺治八年(1651年)八月册立为皇后。二人性格不合，时常发生口角。一天，顺治帝让大学士冯铨查阅并奏报前朝废皇后的历史故事，冯铨等问废后的理由，顺治帝大怒道：“皇后无能，所以当废！”后礼部尚书胡世安等18人分别具疏力争。顺治帝把这件事下发诸王大臣会议。会议结论是：皇后仍然居中宫。顺治帝坚持己见，奏报皇太后，并得到懿准，废掉皇后，降为静妃。
第二位是孝惠章皇后，蒙古科尔沁部博尔济吉特氏，顺治十一年(1654年)五月，年14岁，聘为妃。六月，册为皇后。她不久又受到顺治帝的责斥。这位皇后能委屈圆通，又有太后呵护，才未被废掉，至康熙五十六年(1717年)死，享年77岁。
第三位是孝康章皇后(追封)，姓佟佳氏，都统佟图赖之女，是康熙皇帝的生母。顺治十一年(1654年)生玄烨，年14岁。康熙二年(1663年)病死，年24岁，时康熙10岁。
第四位是孝献章皇后(追封)，董鄂氏。顺治帝对董鄂妃一见钟情，至死不渝。这位董鄂妃的身世，也是清宫一桩疑案。她的身世有三说：有人说董鄂妃就是江南名妓董小宛;也有人说，她曾经是福临同父异母弟博穆博果尔的福晋;《清史稿.后妃传》则说她姓栋鄂氏。
根据汤若望的回忆录和陈垣先生考证，她似乎就是福临夺其十一弟襄亲王博穆博果尔之爱。董鄂氏聪敏俊丽，善解人意，而博得顺治帝的宠爱。但被博穆博果尔发觉，董鄂氏遭到夫君的严斥。董鄂氏找顺治帝哭诉。顺治帝闻知后，狠狠地打了博穆博果尔一个耳光。于是，博穆博果尔于顺治十三年(1656年)七月初三日，或是忧愤致死，或是自杀而死。顺治帝在其27日服满后，干脆将董鄂氏娶进承乾宫。
顺治十四年十月初七日，董鄂氏生下一位皇子。但小皇子出生3个月便夭折。这件事对董鄂妃打击实在太大了。她最大的期望就是生一位皇子，将来母以子贵，作为晚年依靠。没想到儿子还没有来得及起名字就死了。顺治帝追封这位早夭的儿子为和硕荣亲王，并在蓟州黄花山下修建“荣亲王园寝”。墓碑刻：“和硕荣亲王，朕第一子也。”本来是皇四子，却被称为第一子，说明他在顺治帝心目中的重要地位。
几乎就在同时，顺治帝在太监的精心安排下，同憨璞性聪和尚见面。憨璞性聪是第一位被顺治帝召见的著名和尚。憨璞性聪，福建延平人，18岁为僧。顺治十三年(1656年)五月住京城南海会寺。十四年(1657年)初，顺治帝驾幸南海子，途经海会寺，召见憨璞性聪，两人相谈甚欢。十月初四日，又召憨璞性聪进入大内，后在西苑(今中南海)万善殿与憨璞性聪对话。顺治帝问：“从古治天下，皆以祖祖相传，日对万机，不得闲暇，如今好学佛法，从谁而学？”憨璞性聪答：“皇上即是金轮王转世，夙植大善根、大智慧，天然种性，故信佛法，不化而自善，不学而自明，所以天下至尊也！”憨璞性聪的巧言阿谀，让顺治帝觉得很欢心。憨璞性聪是一位政治和尚。因为他会逢迎皇上，所以受到顺治帝宠信，多次被召到宫里，向皇帝讲授佛法，被赐以“明觉禅师”封号。
憨璞性聪还推荐了南方的三位高僧———玉林、木陈、溪森，他们对顺治帝影响至深。这些和尚宣扬的佛法理念，在一定程度上缓解了顺治帝治国的压力，而真正让他下决心放弃万乘之尊皈依佛门的，还是董鄂妃的死。董鄂妃之死，对其打击是致命的。顺治十七年(1660年)八月十九日，22岁的董鄂妃因承受不住失去幼子之痛，在承乾宫病死。顺治帝悲不欲生，“寻死觅活，不顾一切，人们不得不昼夜看守着他，使他不得自杀”。顺治帝辍朝五日，追谥董鄂妃为端敬皇后;在景山建水陆道场，大办丧事;将宫中太监与宫女30人赐死，让他们在阴间侍候端敬皇后董鄂氏;命全国服丧，官员一月，百姓三日。溪森和尚在景山寿椿殿主持董鄂后火化仪式，顺治帝为董鄂氏收取灵骨(骨灰)。
顺治帝失去董鄂妃后，万念俱灰，决心遁入空门。从该年九月到十月两个月中，顺治帝曾先后访问溪森的馆舍38次，相访论禅，彻夜交谈，最后命溪森为他剃度。溪森起初劝阻，顺治帝不听，最后只好帮顺治帝剃光了头发。皇太后着急了，火速叫人把溪森的师傅玉林召回京城。玉林到北京后大怒，下令叫徒弟们架起柴堆，要烧死溪森。顺治帝无奈，只好答应蓄发，溪森才得免一死。后来溪森临终时作偈语说：“大清国里度天子，金銮殿上说禅道！”就是说他同顺治帝的特殊关系。