太子已经册立，国本之争算是结束了，可事实并不是这样的。在册立之后，朱常洛的待遇并没有因此得到改善，地位也没有因此而提升，处境依然很危险，万历三十一年的“妖书案”就是一个很好的证明。“妖书”的大意是说神宗立朱常洛为东宫只是迫不得已，以后必定会改立常洵。
类似的“妖书”早在万历二十六年就曾出现过，名《忧危竑议》，此书假托朱东吉之口揭露了郑氏的夺嫡之念，但由于神宗的压制，此案未起波澜。“妖书”在太子册立后再次出现提醒廷臣，太子的位置依然不稳固。而且，“妖书”的出现也不是空穴来风，它与福王朱常洵之国的问题密切相关。为什么这么说呢？按照明代的定制，福王成年后就应该到他的封地去，谓之“之国”，但郑氏对于立储并没有彻底死心，还是把福王留在京师不让他就藩，而神宗也是三番两次地故意拖延，这实际上就释放出一个信号，那就是虽然太子已立，但随时都有可能被福王取代。于是廷臣争相奏请福王之国。对此，神宗先以福王府邸未成为借口;四十年冬，福王府邸落成，首辅叶向高奏请福王之国，神宗传谕说福王将于明春之国;到了第二年春天，并不见福王有之国的迹象，于是兵部尚书王象乾又奏催福王之国，对此，神宗说亲王之国的时间是在春天，现在已经快过了，明年再去吧。
对于神宗的推延政策，大臣早就洞悉，不断上疏力争。不久，神宗又传旨说要想让福王之国，必须要为他准备四万顷庄田。对于这一苛刻条件，首辅叶向高表示不可能办到，但神宗仍坚持四万倾之说，并不退让，欲以此继续拖延时间。后又传谕内阁，欲以为太后祝寿为借口拖延之国日期，但此议为叶向高封还，他本人也以辞退力争。后来在李太后的帮助下，福王终于四十二年三月就藩。至此，前后延续了近三十年的国本之争才最终落下帷幕。
国本之争中，神宗其实是倾向于立宠妃郑氏之子为太子的，这种意向较为明显。若非大臣前赴后继地疏请、力争，朱常洛最终能否当上太子，就很难说了。如果说明代的大臣都是唯唯诺诺地听命于皇权，他们为什么敢如此勇敢地劝谏甚至顶撞君主呢。如果说皇权是至高无上的，那么为朱常洵为何未能如愿以偿地被册封为太子呢？所以说明清时代远不是人们想象的那样，皇帝的意志统领一切，一切都是专制的。皇帝的行为如果不符合礼法、规则(比如国本之争中，皇帝一意想立朱常洛为太子的行为并不符合中国传统社会立储时“有嫡立嫡、无嫡立长”的原则)，也会遭到官员们的反对，从而在压力下放弃自己的不合理行为。
更进一步说，中国传统政治文化中是存在约束皇权的力量的，只不过这种约束并非来源于制度性的强硬规定，而是官员对于政治合法性的理性坚守，以劝谏、力争甚至请辞等各种方式表达出来。当然，我们不宜将这种约束看得过高，毕竟，这种约束并不能时时束缚住君权的越轨行为。