虽然武则天一生欣赏、尊重狄仁杰，狄仁杰也全心全意辅佐她，但是狄仁杰说到底是一个正统的儒家，他的心其实还在大唐那一面。武则天知道这一点，但是她也无可奈何。正统的儒家讲究忠孝，狄仁杰在这方面自然是无可挑剔的，与此同时，儒家是无法接受女性当权的。《尚书》说：“牝鸡之晨，惟家之索。”母鸡打鸣了，是一家的灾祸，所以自古中国就没有女性君主，本就很稀少的几段女人当政时期也被看做是乱政时期，比如著名的西汉吕后。就连唐高宗的父亲太宗皇帝也觉得女人当政是不可想象的事情。曾经有一次，新罗国善德女王派使者来求援，说高丽在打自己，请唐军援助。太宗坐在宝座上说了一大通，总之一句话：“尔国以妇人为主，为邻国轻侮，失主延寇，靡岁休宁。”谁让你们是女王当政呢，国家咋能有女主呢，要不邻国咋欺负你们呢？想想有意思，您可知道自己的后宫里就有个更厉害的角色吗？
狄仁杰承认武则天是个伟大的政治家，是合法的君主，但是辅佐女皇还是为他带来了困扰，他对此是十分苦恼的。据说他后来担任宰相的时候，在一个雪天里去洛阳城外看望自己的堂姨，这位堂姨对待他总是不冷不热的。刚到门口，碰到表弟打猎回来，这位表弟见到贵为宰相的表哥，随便作个揖就走了，态度很傲慢。狄仁杰倒也没在意，跟姨妈说：“我现在是宰相了，弟弟要想做官，我能帮忙。”结果这位姨妈回答：“你姨妈我就这一个儿子，不想让他伺候女主。”这是在讽刺狄仁杰啊，据说当时狄仁杰十分尴尬，这反映出他自己也有些不够理直气壮。后面我们会看到，这种矛盾的心情贯穿了狄仁杰的一生。
这里顺便说一下，有的读者看到这段故事可能会想：狄仁杰是在搞裙带关系，任人唯亲。的确，他给姨妈打包票的那番话按今天标准来说就是搞裙带关系。不过在唐代，五品以上官员有权力保举至亲子弟，经过一定的程序可以为官，称为“门荫”制度。原本举荐的都是至亲，可是久而久之，官场上举荐其他亲属的风气蔓延开来，大家习以为常。这就是人治的弊端。堂姨的儿子按理说不在权力范围内，狄仁杰有滥权的嫌疑，这一点我们不必替他讳言。
对于狄仁杰来说，忠君思想和反对女性当权的思想纠结在一起，这两种思想都来自他从小受到的教育，非常矛盾。周朝取代唐朝，不像其他的朝代更迭伴随着战争和动乱，一朝天子一朝臣，武则天是采取渐进的方式逐步建立大周的。温水煮青蛙，臣子们和她的关系是长久发展出来的，很多人对新王朝既无法做到完全地接受，又无法完全地背离，去做出激烈的反抗殉国之举。可以说，狄仁杰一生对唐朝很忠，这是对国家的忠，对武则天也忠，这是对她个人的忠。这是狄仁杰一生的主线。他在帮着武则天治理国家的时候，认为自己是尽忠，是为了武则天好。他临终布下棋子，甚至对政变预先有所安排的时候，仍然认为自己是尽忠，而且也是为了保全武则天的名节。