咸丰七年(1857年)，曾国藩借父丧之机，向咸丰帝摊牌索要更大权力。清廷以为太平天国行将覆灭，断然令曾国藩在籍守制。不料三年后，江南大营再次崩溃，太平天国基本控制了富庶的江南地区，切断了清王朝赋税、漕粮的主要供应渠道。咸丰、同治年间，太平天国起义的烈火迅速从广西燃向全国，此前清廷依靠的八旗与绿营不堪重用，为湘军登上历史舞台提供了机会。随着湘军兴起，国家的一些重要权力也逐渐移向地方，转入汉人手中。统治者既要依靠湘军镇压农民起义，又恐其尾大不掉，不情愿将权力拱手相让，由此展开了清廷与以湘军集团为首的地方势力对权力的争夺。
晚清湖南地方军队被称为湘军。咸丰、同治年间，太平天国起义的烈火迅速从广西燃向全国，此前清廷依靠的八旗与绿营不堪重用，为湘军登上历史舞台提供了机会。随着湘军兴起，国家的一些重要权力也逐渐移向地方，转入汉人手中。统治者既要依靠湘军镇压农民起义，又恐其尾大不掉，不情愿将权力拱手相让，由此展开了清廷与以湘军集团为首的地方势力对权力的争夺。
太平天国起义迅猛发展，湘军的地位和作用也日益凸显，湘军集团逐渐取得地方军政大权。咸丰五年(1855年)，清廷任命胡林翼(晚清中兴名臣之一、湘军重要首领——编者注)署理湖北巡抚，与他同在武昌主政的是湖广总督官文。清代官制中总督偏重军政，巡抚偏重民政，军权应归于官文。可官文贪鄙庸劣，见识浅薄，只因是满洲正白旗贵族而为咸丰帝所重用，所部军队战斗力极差。胡林翼抚鄂之初，官文每多掣肘，胡虽申奏，但咸丰帝仍下严旨要其会同官文办理湖北军政。不得已之下，胡林翼改变策略，转而与官文结交，在公文中每列官文为首功，每月拨盐厘3000两相赠，还让自己的母亲认官文宠妾为义女，进而与官文兄弟相称。不过，胡林翼并非与官文同流合污，而是试图加以利用。官文也深知在此战争环境，多少督抚因为不善带兵，或死于战事或被罢职免官，于是也乐于依靠这个对自己恭敬备至的胡林翼。在官文看来，既然胡林翼满足了自己对声色货利的喜好，自己赞同他的军政主张，也算是礼尚往来。于是，胡林翼大刀阔斧厉行改革，稳定湖北局势，从而在同太平天国争夺长江中下游地区时处于有利地位。
但事实上，清廷并没有放弃对地方权力的严格控制和打压。所以，如果不是胡林翼巧妙运用权术，让清廷认为改革措施多为官文主张，湘军集团是难以迅速发展起来的。咸丰七年(1857年)，曾国藩借父丧之机，向咸丰帝摊牌索要更大权力。清廷以为太平天国行将覆灭，断然令曾国藩在籍守制。不料三年后，江南大营再次崩溃，太平天国基本控制了富庶的江南地区，切断了清王朝赋税、漕粮的主要供应渠道。于是，山穷水尽的朝廷陷入两难境地：要么拘泥于不轻易授予汉人实权的旧制而坐以待毙，要么听任湘军壮大势力，但可以利用他们来度过亡国危机。在太平天国大军的逼迫下，舍湘军而无其他劲旅可以依靠，清廷只能容忍湘军将领执掌地方军政大权，于是，任命曾国藩署理两江总督。可以说，湘军集团能够取得多大的权力，与太平天国给清廷带来的危机程度，以及清廷解决危机时对湘军的依靠程度是密切相关的。
日益激烈的太平天国战事和辛酉政变的发生，将湘军集团的权力推向顶峰。咸丰十一年(1861年)，咸丰帝在避暑山庄去世，遗诏以年方六岁的载淳继位，同时任命户部尚书肃顺、怡亲王载垣等八大臣为“赞襄政务王大臣”。经过一场惊心动魄的宫廷政变，形成了两宫皇太后与恭亲王奕共治天下的局面。为最大限度地发挥湘军集团的作用，清廷由被迫放权转向主动授予他们更大的权力。这年十月，命曾国藩督办江、皖、赣、浙四省军务。十二月，任命左宗棠为浙江巡抚，李续宜为湖北巡抚，彭玉麟为兵部侍郎。次年正月，命曾国藩以两江总督协办大学士。八月，刘长佑补授两广总督。十二月，刘长佑调任直隶总督。同治二年(1863年)，左宗棠升任闽浙总督，曾国荃补授浙江巡抚，唐训方补授安徽巡抚，郭嵩焘补授广东巡抚，刘蓉补授陕西巡抚。次年，杨载福补授陕甘总督。短短几年间，湘军集团势力急剧膨胀，南至两广，北到直隶，东到两江，西至陕甘，诸多地方由湘人出任督抚。而他们手中所握有的权力，远远超过此前的清代督抚。
依照清代旧制，总督主军政，但是除了自己的督标营之外，并不能越过提督直接干预营务;巡抚主民政，除了自己的抚标营外，也不能干预营务;布政使掌财政，直属户部;按察使掌司法、监察，直属刑部。可见，军政大权都集于中央，地方大员各负其责，互不统属，谁都不能自行其事，只能听命于中央。而咸同年间，特别是同治初年，大批湘军将领位任督抚，他们既主军又主政，兵、政合一之势已成，再加上兵饷自筹，厘金完全由督抚支配，原本应该上交户部的地丁、漕折、关税、盐课等项银两也被督抚截留，大半充作军饷。这样，一省三宪——即巡抚、布政使、按察使鼎足而三的局面再也不复存在，督抚专权的局面势将形成，湘军集团的权力在此情形下也达到了顶峰。