洪武朝堪称中国历史上遍设学校之始，兴学系元璋一大善政。但元璋只希望造就为己所用之工具，对学生设禁甚多，不但不许议论所谓军国大事，更规定“生员不得擅入厨房，议论饮食美恶”，敢有犯者，杖击并充军。
国子监第一任祭酒(相当于大学校长)宋讷对学生单靠严厉立威，伙食很差，学生竟有饿死者。一个叫赵麟的学生受不了虐待，在学校里贴出一张壁报抗议。按照校规，这是“毁辱师长罪”，应该打一百大板充军，但元璋却认为学生向师长抗议，此风不可长，竟法外用刑，把赵杀了，并在学校前立了一根长竿，悬其头以示众。
这根血淋淋的竿子一直竖在那儿，居然要等到明史上以荒淫出名的明武宗出场，才被下令撤去。史籍上说，明武宗南巡，到了南京的国子监，看见这竿子感到奇怪，说这是做什么用的呢？教员回答是挂学生脑袋的，武宗大不以为然，说了一句很朴实的“名言”：学校岂是刑场！撤掉吧。这根血淋淋的竿子一共竖了126年。
把科举考试的内容限定在几部经书之内，宋朝王安石是始作俑者。朱元璋的“创造”在于，他和文臣们一起，把科举考试的文体格式僵硬地固定了下来，文章怎么起头，怎么转折，怎么结尾，都必须一丝不苟。这样一来，文章立意早已是圣贤的，格式又是统一的，逼迫天下读书人把才思浪费在“八股”这个螺丝壳中，只能在螺丝壳中看谁的道场做得漂亮，徒然耗费青春。
秦始皇怕读书人厚古薄今，非议朝政，焚书坑儒，唐太宗实行科举，看到应举人很多，高兴地说，“天下英雄入吾彀中矣”，元璋更进一步，把读书人限制在八股中，其办法是唐太宗的“英雄入彀之术”，其用意则是秦始皇的“焚书坑儒之心”。
南北文化水平不一，科考录取者中南人居多，洪武三十年也不例外。北人不满，元璋下令彻查的结果证明并无舞弊，这时又有人造谣，说复查者故意把北人中不好的卷子给皇帝看，元璋大怒，立即将复查的多个官员赐死，同时他亲自考试，重新选拔了61人，均为北人。“时谓之南北榜”。西方学者所撰的《剑桥中国明代史》在叙述这一冤案时直截了当地评价说：“这种种事件表明了一个人长期患偏执狂后会是什么心理状态。”