廷杖是明朝开国皇帝朱元璋创立的不人道、严酷的刑罚之一，主要用来对付不听话的官员。大庭广众之下，让校尉用棍子打屁股，这不仅是对肉体的伤害，也是对人格的侮辱。
但事物总在不断地变化，因为触怒圣颜而被廷杖的多是耿直之士，往往获得舆论的同情，有辱斯文的廷杖便演变成一种荣誉性标志。黄仁宇评价道：“有的人却正好把这危险看成表现自己刚毅正直的大好机会，即使因此而牺牲，也可以博得舍生取义的美名而流芳百世。”正德朝的王阳明说得很明白：“为名与为利，虽清浊不同，然其利心归一。”
廷杖通常由司礼监太监监督，行刑人和监督太监心有默契，看监督者站立姿势决定下手的轻重。若监督太监靴尖朝外成八字型，就下手较轻，高高扬起，轻轻地拍一拍；若朝内成八字型，则下手较重，往死里打。
这番首辅很生气，后果很严重，当然要往死里打。掌管礼仪大事的礼部尚书马自强(字体健，陕西同州人)、翰林院的长官王锡爵(字元驭，苏州太仓人)两大重量级人物前来求情都没有用，连张居正儿子张嗣修的同年好友沈懋学(字君典，宁国府宣城人)拜托嗣修向父亲求情，也被拒绝。这沈懋学和张家的关系不一般，张嗣修中进士前，张居正物色天下的才子陪自己儿子读书，相互促进。沈欣然答应，后来中了状元，另一位大才子、《牡丹亭》的作者汤显祖(字若士，江西临川人)拒绝了，直到张居正死后才考取进士。
吴、赵两人被打六十棍后，发回原籍为民。打完后，吴中行口鼻流血，奄奄一息。中书舍人秦柱(字汝立，常州府无锡人)很仗义，带着医官赶来治理才救了一命。这要担很大的风险，亲朋好友前来探视受伤的吴中行，看管的士兵都要询问记录，朝廷要了解哪些人在同情他。赵用贤是个大胖子，廷杖时，一片片手掌大的肉脱落，他老婆干脆将脱落的肉腌制起来收藏，留给子孙做传家宝。现在想来这种方式真有些恐怖。
艾穆、沈思孝骂张居正更厉害，因此他俩的刑罚更重。两人被杖八十，三天后才苏醒，然后被发配到边疆充军。
被杖的四人一下子成为天下士大夫仰慕的楷模，当时皇帝经筵的讲官许国(字维桢，徽州歙县人)送给吴中行一只玉杯，上刻诗曰：“斑斑者何？卞生泪。英英者何？兰生气。追之琢之，永成器。”送给赵用贤犀角杯一只，上刻诗曰：“文羊一角，其理沉黝。不惜剖心，宁辞碎首。黄流在中，为君子寿。”对二人做出高度的评价和美好的祝福。可世事难料，张居正死后，吴、赵二人重新回朝廷做官，许国已做到内阁中仅次于首辅的二把手，和吴、赵成为政治上的对手，许国谴责二人，“意气感激，偶成一二事，遂自负不世之节，号召浮薄喜事之人，党同伐异，罔上行私，其风不可长。”真乃此一时，彼一时也。
今天看来，张居正这种危机处理方式霸道残酷，但在当时他能找到更好的办法么？不像一个民主社会里，可以到议会替自己辩护，又没有一个中立的仲裁机构。当时只可能一方不惜自己的生命博取舆论，另一方利用国家权利进行惩罚。上疏弹劾张居正不丁忧，既不是个纯粹的道德问题，也不是个纯粹的法理问题，而是各种因素搅和在一起的政治问题，对万历帝和张居正而言，不快刀斩乱麻将搅得没完没了。