1402年6月燕王朱棣率领“靖难”大军兵临南京城下，奉命守城的谷王朱橞、曹国公李景隆等开门投降，南京陷落。就在“奉天靖难”大军进城时，皇宫冒出了滚滚浓烟。
在一具烧得面目全非的“建文帝”尸体前，朱棣假惺惺的滴下了几滴鳄鱼泪，随即下达了全国第一号通缉令，目标就是建文帝手下的五十多个“奸党”为此朱棣任命心腹纪纲为锦衣卫都指挥使，酷吏陈瑛为都察院左都御史负责此事。奉天靖难后一场充满血腥的大清算就此拉开序幕。
齐泰，建文帝的兵部尚书，削藩的主要倡导者。南京陷落时尚在外地，闻听消息后他便打算到外地起兵继续对抗朱棣，于是乔装，把自己的白马涂上墨汁，但马走了一段路后因出汗而墨汁褪色，被人认出捉获。（齐泰的逻辑很怪，难怪会失败）押解回京后，不向朱棣屈服，被凌迟处死。堂兄弟也被连坐处死，几个叔叔被发配边疆。
第二号人物是黄子澄，也是削藩的主要倡导者。南京陷落时，他藏匿在嘉兴的一位退休官员杨任的家中，谋划反抗，结果被人告发。逮捕至京城后，朱棣亲自审问。黄子澄抗辩不屈，被凌迟处死，族人无论少长一律被杀。唯有一子更名换姓为田经，逃到了湖广咸宁。同时倒霉的还有藏匿黄子澄的杨任。他本人被凌迟，两个儿子被斩首，亲属全部戍边。
接下来就是被姚广孝称为“天下读书人种子”的方孝孺，南京城破当日他就被逮捕。起兵前姚广孝一再叮嘱朱棣不要杀方，同时朱棣也想借助方孝孺的名气来安抚天下，于是逼迫方孝孺草拟即位诏书。
没想到方孝孺接过笔后写上了“燕贼篡位”后掷笔于地，骂道：“死即死耳，诏不可草。”朱棣见方孝孺宁死不屈，就威胁道：“汝不顾九族矣！”方孝孺斥责说：“便十族奈我何！”恼羞成怒朱棣怒不可遏，命人将其凌迟处死，据记载场面极其残忍，以至于“断舌碎骨”。方孝孺死后，德庆侯廖永忠的两个孙子因为埋葬方孝孺的遗骸获罪被杀。
所谓九族，有几种说法，其中有父三族、母三族、妻三族之说，还有父族四、母族三、妻族二之说，不论如何牵连面甚广。而在此之前，为免受凌辱，方孝孺的妻子、儿子自缢身亡，两个女儿女儿也投入秦淮河。至于第十族就是方孝孺的那些门生们。据记载方氏一案连坐被杀者达八百七十三人，其他外亲之发配充军者高达千余人。
铁铉，曾经几次打败朱棣的一个文人。被俘后背对朱棣坐在朝堂之上，厉声谩骂，也被凌迟，八十多岁的老父老母被发配海南岛。
此外还有御史中丞练子宁、副都御史茅大芳、左佥都御史周璿、户部侍郎卓敬、郭任、卢迥，礼部尚书陈迪、礼部侍郎黄魁、巨敬、给事中陈继之、韩永、叶福、暴昭等几十位因不屈服朱棣而被处死的官员，这些人或被诛三族，或被诛九族。
其中有一个耿景清的官员之前与朱棣还有些私交，朱棣即位后，让他仍然担任之前的官职。一日他穿着绯色衣服，怀揣利刃想早朝之时行刺，正好钦天监向朱棣奏报“异星赤色犯帝座”（有赤红色星星对皇帝的星座不利），结果只有耿景清一人穿着绯红色衣服，利刃当场被搜出。朱棣震怒之下，将耿景清凌迟，同时查抄他的家乡，结果亲朋好友转相攀染，连坐了整个村子。
当然没有株连九族的也有，他就是当刘伯温的次子刘璟。在被逮入京城后，还称呼已经称帝的朱棣为“燕王殿下”，并且说：“殿下百年后，逃不得一‘篡’字。”结果死于狱中。官员提出株连家属，朱棣看在已经死了的刘基面上，没有同意。
对于这些人来说，被处死是残酷的；但对他们的妻儿兄弟来说，死可以说是一种解脱。这些人的妻女姐妹充入教坊司（官办妓院）备受凌辱，下面引述两段官员与朱棣奏对，各位看官一看便知。
教坊司官员上奏：“齐泰的姐并两个外甥媳妇，又有黄子澄妹的四个妇人。每一日一夜，二十条汉子守着，年小的都怀有身孕，除夕生了小龟子，又有一个三岁的女儿。”朱棣批答：“小的长到大，便是摇钱树儿。”——《奉天刑赏录教坊录》
教坊司官员上奏：茅大芳妻张氏发教坊司病故；朱棣批答“著锦衣卫分付上元县抬去门外，著狗吃了。”——《国朝从记》
不屈服的人都处理了，那么屈服的人呢？对于屈从的中下级文官，朱棣纷纷提拔重用，例如此后的三杨等人。对于高级文官、武将，朱棣也没放过。
盛庸，曾和铁铉一起几次打败朱棣。朱棣进入京师后，盛庸率兵投降，朱棣命他镇守淮安，之后退休在家。结果当年就遭到酷吏陈瑛的弹劾，说他图谋不轨。也许是为了保护家属，盛庸自杀。
与盛庸情况类似的还有老将耿炳文、平安、何福、茹瑺等人。此外朱元璋的妹夫、驸马梅殷在被迫归顺后，竟然上朝时被人推到金水河里活活淹死。就连当年主动开门投降曹国公李景隆、谷王朱橞也先后被冠上罪名，幽禁而死。
1424年8月朱棣病死， 11月新即位的皇帝朱高炽为齐泰、黄子澄、方孝孺等建文旧臣平反正名，并赦免寻访其后人。
历来一个王朝非正常的皇位更迭通常都是伴随着血与泪的。作为一个政治家，为了巩固自己的统治，必然会采取一些强制，乃至血型手段，朱棣只是做了这些人都会做的事。相比较而言，朱棣与其父亲朱元璋相比较，其残暴有过之而无不及。
PS：或许本文会招致一些朱棣粉丝的诋毁、谩骂。无可否认朱棣是一位开明、进取的皇帝，但人无完人。本文只是从“靖难大清算”方面谈及，并不能完全概括朱棣的一生，正所谓千秋功过后人评。