朱棣生母：皇后马秀英
称朱棣的母亲为马皇后，最为广泛。在清人朱好阳编纂的《历代陵寝备考》中有记载，“后生懿文太子、泰王樉、晋王桐、成祖、周王”。这里说得十分清楚了，朱棣为朱元璋与马皇后所生的第四个儿子。
这一说法，来源于明朝当时的史书，如《太祖实录》、《太宗实录》、《靖难事迹》、《玉牒》等。《靖难事迹》中有相同的文字：“高皇后生五子，长懿文皇太子，次秦愍王挟，次晋恭王桐，次上，次周定王。”朱棣更是亲口说过，他的母亲是皇后马秀英，“每自称曰：‘朕高皇后第四子也’”。
但也有秘史称，马皇后根本就没有生育能力，一世无子，正史上记载的包括太子朱标、燕王四子朱棣在内，几个儿子都是别人所生。马皇后采用了过去皇家最惯常的手法，把别的妃子所生育的孩子据为己出，是一出明版“狸猫换太子”。这种说法，为朱棣的生母之谜平添了一份神秘。
朱棣生母：朝鲜女子李氏
称李氏为朱棣生母不少人很相信，认为证据很充分。《南京太常寺志》有这样的文字：“孝陵祀太祖高皇帝、高皇后马氏。左一位淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晋恭王;左二位皇妃，生楚王、鲁王、代王、郢王、齐王、蜀王、谷王、唐王、伊王、潭王;左三位皇贵妃，生湘献王、肃王、韩王、沈王;左四位皇贵人，生辽王;左五位皇人，生宁王、安王;右一位碽妃，生成祖文皇帝。”
太常寺为皇家机构，《南京太常寺志》自然算是皇家文字，其记载应该有很高的真实性和可信度。明人沈玄华在《敬礼南都奉先殿纪事十四韵》中有：“高后配在天，御幄神所栖。众妃位东序，一妃独在西。成祖重所生，嫔德莫敢齐。”因此，包括当代著名历史学家吴晗先生在内，都深信朱棣的生母为“碽妃”李氏
朱棣生母：元顺帝妃洪吉喇氏
这个说法，可上溯到朱元璋没有称帝前。在至正年间，朱元璋跟随郭子兴起兵反元，郭子兴病死后，朱元璋取而代之，南征北伐，先占领集庆(现在的南京)，后又攻下大都(现在北京)。元顺帝看看大势已去，遂弃大都，退守蒙古。朱元璋入城后亲临元顺帝后宫，看到落难人群里有一位美女，姿容娇美、眉目含情，顿时引起朱元璋的注意，遂收她为妃子。
这个女子即元顺帝的第三位妃子格勒德哈屯，她是元顺帝洪吉喇托太师的女儿。故事到此复杂了：早在朱元璋攻占北京之前，洪吉喇氏已怀孕七个月，元顺帝出逃时，不方便带上，让朱元璋白白地捡了一个女人和一个儿子。两个月后，洪吉喇氏生下一个男小子，此即朱棣。
据说，当时朱元璋心中知道此子非己子，并不想认这个儿子，但看到朱棣相貌不凡，朱元璋就喜欢上了。况且，说自己的后宫女人生了其他男人的孩子，传出去可是一桩天大的皇家丑闻，朱元璋也不得不认下这个儿子。
民间对这种说法传得神乎其神的，而朱棣与其他几个兄弟相貌长得确实不一样，一点也不像麻脸朱元璋(朱元璋相貌疑云，见上篇)，这也加大了这种猜疑，民间据此称朱棣是蒙古人。但史上记载，大都失守是至正二十八年，即公元1368年，而朱棣生于至正二十年，即1360年，时间相差七八年呢。
因此，这种说法也最不靠谱，朱棣生前也从未承认过。之所以出现这种情况，是民间在骂朱元璋和朱棣。前者杀人如麻，不仁;后者则是非法当上皇帝的，用今天的话来说，是通过军事政变上台的，不孝。
朱棣生母：蒙古女子翁氏
与洪吉喇氏一样，翁氏也是蒙古女子，也是元顺帝的妃子。但民间之所以还有翁氏一说，可能是“洪”、“翁”译音上的相似而以讹传讹。这里就先姑且算翁氏是第四个妈妈吧。刘献廷所著《广阳杂记》称：“明成祖，非马后子也。其母翁氏，蒙古人。以其为元顺帝之妃，故隐其事。宫中别有庙，藏神主，世世祀之，不关宗伯，有司礼太监为彭恭庵言之。余少，每闻燕之故老为此说，今始信焉。”
用大白话来说，就是朱棣不是马皇后生的儿子，他的母亲是蒙古人翁氏，因为曾是元顺帝的妃子，所以史书上不方便提这事。但朱棣没有忘记这位蒙古生母，而是在宫中另外建庙，供奉她的牌位，让世世代代纪念她。刘献廷为清朝人，他的文字，就如笔者现在这文字一样，仅是自己的观点。况且，他的依据是来源于北京一带的坊间传言(“每闻燕之故老为此说”)，而且是小时候听说的，你说这靠谱么？
另有一说，出自民国学者王謇的《孤庐杂缀》。书中记载：“往余幼从吴梦辄师恩同游，师告余曰：‘克金陵时，官军得明成祖御碣于报恩寺塔座下，其文略谓：成祖生母为翁吉剌氏，翁故为元顺帝宫人。生成祖，距入明宫仅六月耳。明制：宫人入宫，七月内生子者，需受极刑。马后仁慈，遂诏翁以成祖为马后所生。实则成祖生日，距懿文太子之生，仅十月稍强也。
翁自是遂抑郁而殁，易篑前，以己之画像一帧，授成祖乳母，且告以详，命于成祖成年就国后告之。成祖封燕王，乳母如命相告。
于是，成祖始知己之来历，乃投袂奋起，而靖难之变作矣！’”王謇所记也是“听来的”，老师是听曾国藩的幕僚冯桂芬说的。这么“据说”显然不足为凭。