大报恩寺塔矗立在南京城南长达400多年，直到1856年才毁掉。大报恩寺塔的消失，“责任人”是太平军——“咸丰六年，遭洪杨焚毁，并砖库亦被炸去。”
“咸年六年”，就是公元1856年。当年秋天，太平军发生了严重的内讧，洪秀全、杨秀清之间矛盾爆发。时督师江西的北王韦昌辉，接到天王密诏(一说无密诏)后，率兵3000连夜回天京诛杀杨秀清及其家眷。韦昌辉图谋不轨，有意扩大事态，株连杀戮杨部属二万余人，史称“天京事变”。翼王石达开闻讯冒险赶回天京，指责韦昌辉的滥杀行径。韦昌辉杀心又起，决定谋害石达开。石达开见情况不对，连夜逃往安徽的安庆，调集部队讨伐韦昌辉，要求洪秀全杀韦昌辉“以谢天下”。同年十月初五，洪秀全下诏讨韦，处死了韦昌辉，削其封号，贬为“死孽”。
大报恩寺塔就是在石、韦对峙中毁掉的。当时，韦昌辉在城内，害怕石达开利用寺塔之高，向城门开炮，遂下令将塔炸毁。这座“第一塔”，就这样从世人的视野中消失掉了。
大报恩寺的消失见证了近现代中国的多灾多难。在此之前，已被英国人洗劫了一次。1840年鸦片战争期间，英国人强迫清政府在南京静海寺签订了中国近代史上第一个不平等条约《南京条约》。就在这期间，听说“大磁塔”(大报恩寺塔)内有很多宝贝，英军遂先后多次前去抢劫，金佛、金饰等可以拿到的装饰器物、塔内摆设，都让他们作为“纪念品”搜刮去了。又听说物件表面镀金，有的英军拿出随身携带的刀子，一块一块割“金皮”。后来遭中方强烈声讨，英军为此赔点款了事。
塔被韦昌辉炸毁后，塔顶的两只巨型“铁盘”也坠落到地面上。这可不是一般的铁盘，实质是“金盘”，外面裹了寸把厚的金皮(另一说是铜质)让太平军取走了。后来遗存一只在原址，被人移至塔基东南面“金陵制造局”(李鸿章在南京所建兵工厂)门口。盘顶朝天放在一个砖石平台上。在1937年中日战争全面爆发前，还放在门口。
已去世的南京博物院老文物工作者张正祥先生曾考察过，2004年笔者去张先生家采访时，他曾提到过此事。抗战胜利后，顶盘就不见了，据说被日军砸坏，熔化后造枪炮了。曾有当地居民证实，1943年时还看到过，此后就不见了。
从日军侵华史上发现，顶盘失踪那一年，由于战略资源匮乏，日军开始在南京到处征集“废铜烂铁”。