清朝在东南沿海实行海禁政策，沿海居民迁徙，寸板不许下海。这是一把双刃剑，虽然限制并打击了郑经集团，但是同样不利于大陆沿海居民。解决的唯一办法，是海峡两岸统一。终于，一个解决台湾问题的时机到了。
善抓时机康熙二十年（1681年），在位20年的郑经在台湾病故。延平郡王的王位，传给长子郑克。两天后，郑克竟然被受郑经宠信的冯锡范所杀。冯锡范拥立自己的女婿、郑经次子郑克塽继位。郑克塽只有12岁，袭为延平郡王。因郑克塽年幼，大权旁落，内政落在冯锡范、外事落在刘国轩等手中。
郑经的死，对于延平郡王的命运，可能是悲剧；而对康熙帝来说，必定是喜剧！因为历史给康熙帝提供了统一台湾的良机。
这是为什么呢？内外原因有五：
其一，三藩战争结束，中原大地统一，可以集中力量处理台湾问题；
其二，台湾政局变动，郑经死后，诸子相争，官员内讧，文武解体；
其三，台湾内部，官兵离心——康熙初，投诚官员3985员、兵40962名、归农官弁兵民64230名口（《清圣祖实录》卷一二）；
其四，台湾水旱灾害严重，“人民饥死甚多”（阮旻锡《海上见闻录》卷二），民众对台湾郑氏政权不满；
其五，荷兰等殖民者势力衰弱，无力干预，国际环境有利。
康熙帝抓住这个等待了20年的有利时机，当机立断，决定兴师，统一台湾。有廷臣谏言：“海洋险远，风涛莫测，长驱致胜，计难万全。”这表明朝臣中有人对武力统一台湾持反对意见。康熙帝不为所动，做出收服台湾的决策。
解决台湾问题，关键在于选帅。康熙帝善于用人，但选谁任主帅呢？
慎重选帅康熙帝决定启用施琅为福建水师提督、总兵官。但是对于这一任命，朝廷有争议，主要是对施琅政治上不信任，军事上不放心。如果说康熙帝用了20年等待进兵台湾的时机，那么，他为了选用施琅这员主帅也是准备了20年。施琅究竟是怎样的一个人呢？
施琅（1621～1696年），字尊侯，号琢公，福建晋江人，原为明总兵郑芝龙部下左冲锋。施琅长期转战于东南沿海，熟悉海上作战，积累了丰富的实战经验。而且，他喜读经书，熟悉兵法，精晓阵法，尤善水师，是一名有勇有谋的帅才。郑芝龙的儿子郑成功海上抗清，招徕施琅，施琅便跟随郑成功抗清。后来郑、施失和，郑成功抓捕施琅及其眷属。施琅用计逃脱，但其父、弟及子侄等都被郑成功杀害。施琅于顺治八年（1651年）背郑降清。
康熙元年（1662年），康熙帝启用已经“赋闲”十年的施琅任福建水师提督，负责征讨台湾的水师军务。他受命先后两次出海，因遭飓风，无功而返。因此，朝廷上一些大臣说他与郑氏旧恩未断，疑其“贰心”。再加上总兵孔元章赴台谈判传回台方离间施琅的话，于是施琅被解除兵权，调回京师，任内大臣。
因为有前面发生的这一系列事件，康熙帝此次选任攻台主帅，非常慎重：
其一，广听众议，找人推荐。他问李光地，谁能担此任？李光地经过考察后，推荐施琅。
其二，亲自找施琅谈话，征询进取台湾的方略。
其三，力排众议，启用施琅。
其四，风信之争——是南风进兵还是北风进兵，相信施琅。
其五，事权专一——为避免“一山二虎”，从施琅奏请，调总督姚启圣管后勤，避免总督与总兵责任不清，互相掣肘。
其六，“断自朕衷，特加擢用”，就是施琅任内大臣十二年，康熙帝信任他，决定任用他为福建水师提督。
福建东山县九仙山下的施琅水师指挥台
康熙帝经过慎重的调查研究，启用原郑成功部将施琅为福建水师提督，造舰练兵，做实战准备。刚要进兵，有人疏言：彗星见，缓进剿。康熙帝破除迷信，决心进兵——从施琅议，遇信风，即进取。
台湾方面，也在准备：其一，刘国轩负责战事；其二，在台湾门户——澎湖进行防守；其三，水军主力集中到澎湖海域。
巧用兵略康熙二十二年（1683年）六月，福建水师提督施琅率清朝水师，向澎湖进发。澎湖海战，一触即发。
第一回合。康熙二十二年(1683年)六月十四日，施琅率水师2万人，战船230余艘，出其不意，向澎湖进发；此举出乎刘国轩之所料，他没有想到懂得海上风候的施琅，会选择大风大浪的季节进攻澎湖，因事发突然而措手不及。
十六日，两军对峙于海面，发生激烈海战。在这里我讲一个蓝理的故事：施琅发起进攻前，问诸将：谁敢为先锋？诸将互视，无人回答。蓝理挺身响应。施琅命蓝理为先锋，并命在其战船帆篷上，书写两丈长的两个大字——蓝理。战起，蓝理率7艘战船冲入敌阵。双方展开激战。郑军刘国轩初战失利。但风向突转，对清军不利。郑军乘机进攻，包围清军指挥战船，施放火器，施琅右脸被烧伤，众官兵惊慌。这时，蓝理督率战船冲向郑船，负伤10余处；又被敌炮轰倒，肚破肠流，非常严重。有人喊：“蓝理死矣！”蓝理忍痛跳起来喊道：“蓝理在！”他的部下把蓝理破肚流出的肠子装到腹中，四弟给他穿上衣服，五弟用布把他的腹部包裹起来。蓝理重整衣甲，继续指挥战斗。官兵深受感动，更加奋勇作战。郑军败退。后康熙帝誉称他为“破肚将军”（陈康祺《郎潜纪闻三笔》卷四）。
第二回合。二十二日，清军与郑军在澎湖海域进行决战。清军船舰分作三队：左翼以50艘进攻鸡笼屿，右翼以50艘进攻牛心湾；主力由施琅率领，分作前后两队——前队56艘居中，后队80艘分作两股，既左右策应，又前后援应。郑军将领刘国轩率军全力以赴。从早上七时到下午四时，双方海战，异常激烈。施琅指挥清军，靠近敌船，用火罐、火筒、火炮、火铳等，射向、抛向郑船。霎时间，郑船焚烧，一片火海。郑船20余艘，沉入海中。刘国轩见势不妙，乘小船逃往台湾。郑军见主帅逃走，大势已去，5000余名官兵向清军投降。此战，郑军死伤1万多人，清军总兵朱天贵等300余人战死，清军取得了海战的胜利。
清军取得澎湖海战大捷，打开了通向台湾的海上门户。郑氏失去屏障，官兵解体，风声鹤唳，无力再战。这时，台湾流传施琅会乘胜进入台湾，烧杀抢掠，为父报仇。施琅郑重宣布：仇人只郑成功一人，郑成功已死，决不报复其他任何人。
郑克塽召集官员议商对策，有人主张逃往吕宋（今菲律宾），有人主张投降。郑克塽同意投降，并派人到施琅军前。施琅表示：“夙昔结怨，尽与捐除！”过去恩怨，一笔勾销。但是兵部不允。康熙帝高瞻远瞩，特旨允降。康熙帝已经事先作了部署，对郑氏及其官员进行妥善安排。
康熙二十二年八月十一日（1683年10月1日），施琅率领清军前往台湾受降。
郑克塽率领官员列队恭迎。双方在天妃宫会见，施琅“握手开诚，矢不宿怨”。事后，施琅亲自前往郑成功庙进行祭奠，表现了一位杰出政治家、军事家的博大胸怀。是年施琅63岁。康熙帝重用施琅，台湾一统。这正好应了郑成功的一句话，当年他得知施琅逃走时后悔地说：“吾不幸结此祸胎，贻将来一大患！”
施琅的捷报传到康熙帝御前，正好是八月仲秋之夜。康熙帝高兴地作《中秋日闻海上捷音》七律一首：
万里扶桑早挂弓，水犀军指岛门空。
来庭岂为修文德，柔远初非黩武功。
牙帐受降秋色外，羽林奏捷月明中。
海隅久念苍生困，耕凿从今九壤同。（《康熙诗词集注》）
他还挥笔写下五言绝句：
明月中秋节，驰书海外来。
自今天汉上，万里烟云开。（《康熙诗词集注》）