顺治帝失去爱妃，悲痛过度，匆匆地离开了人间。他临死前，皇宫里最要紧的事情当然是商量继位者的问题。当时，一位德国传教士汤若望的话起了重要的作用，他认为应该挑选生过天花有免疫力的皇子继位。顺治认为汤若望的意见很对，于是决定立玄烨为皇太子继承皇位。爱新觉罗·玄烨，清世祖顺治帝的第三子。1661年，失去爱妃悲痛过度的顺治帝又得了天花，确诊不治后，马上召学士麻勒吉、王熙至养心殿，撰写遗诏，安排后事，其中最重要的一件事是选一个适当的继承人。正月初七子夜，顺治死，颁遗诏于天下。遗诏是这样的：“太祖、太宗创垂基业，所关至重，元良储嗣，不可久虚。朕子玄烨，佟氏妃所生，年八岁，歧嶷颖慧，克承宗祧，兹立为皇太子，即遵典制持服二十七日，释服，即皇帝位。”在这个诏书中，还决定以内大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣，“保翊幼主，佐理政务”。初九日玄烨即位。那么，遗诏中为什么会定玄烨即位的？
康熙皇帝被立为皇帝，完全与天花有关。
顺治帝共有八个儿子，其中有四个早已夭折，剩下的也都年岁幼小。最大的是次子福全，时年仅九岁，三子玄烨时年八岁。顺治帝生前在指定继承人选上并没有一定的意向，临终前想想皇子们都很小，难以控制局面，遂想到了一位从兄弟，但是孝庄皇太后和各位亲王坚决反对，他们都认为应该从皇子中选择一位继承者。但皇子有四个，应该选谁呢？论长幼，当立皇二子福全;论嫡庶，四位皇子的出身差不多。但皇三子玄烨的母亲佟佳氏的地位似比其他三妃高一些，因为那三位妃子的父亲，史书均没有记录他们的名字和官职，而佟佳氏之父佟图赖是辽沈旧人，多年从征后为开国功臣，并升任定南将军，汉军正蓝旗都统。孝庄皇后最欢喜三皇子，而顺治认为福全年长，理应立他为帝。满洲亲王大臣中有人认为玄烨母亲佟佳氏是汉军旗人，没有满族血统。在最后的争论中，顺治帝的母亲孝庄太后选择了玄烨而没有选择比玄烨稍长的福全。玄烨的被立，尽管与他自小表现出的品质和灵敏聪颖有关，但这并不是主要的，根本的原因是与天花有关。
当时备受顺治帝信任，并被其称为“玛法”的钦天监监正、德国传教士汤若望的观点发生了重要作用。他认为：应立已出过天花的玄烨为继承人，因他对天花已有终身免疫力，可免其再遭不幸，而福全没有得过天花，没有免疫力，得时时小心提防着这种可怕的病症，难免会像顺治帝一样出现悲剧。在当时，天花是一种非常可怕的传染疫病，如果有人染上天花，必须实行严格的隔离，连皇子和公主们都不例外，许多皇子和公主就是得了天花后不治而死的。现在汤若望把这个问题提出来作为立嗣君的根据，为祖宗社稷着想，孝庄皇太后不能不认真考虑汤若望的意见。这一点，在顺治帝临死前得到了首肯，而孝庄太后也是十分赞同的，所以得过天花成了玄烨登上帝位的重要条件。
那么，玄烨是在什么时候得过天花的？
玄烨出生于顺治十一年(1654)，当时北京城内天花泛滥成灾，满族王公亲贵吓得到处躲藏，连皇帝也不例外。为了避痘，出生不久的玄烨在内务府正白旗汉军包衣曹玺之妻孙氏的携带下前往皇宫西华门稍北的一座府第居住。孙氏是玄烨的保姆，就是后来写《红楼梦》的曹雪芹的曾祖母，数十年后的康熙对这一段经历仍记得十分清晰。康熙六十年(1721)曾颁谕说：“今王大臣等，为朕御极六十年，奏请庆贺得礼。钦惟世祖章皇帝，因朕幼年时未经出痘，令保姆护视于紫禁城外，父母膝下，未得一日承欢，此朕六十年来抱歉之处。”不过玄烨在这场天花流行中仍然未能幸免，但染天花后，多亏孙氏精心照料，不久即痊愈回宫。康熙自小就在祖母孝庄太后的照料下成长，所以他的祖母尤其喜欢他。
得过天花的康熙皇帝，脸上留下了不太显眼的痘痕，见过他的法国传教士白晋后来在给法王路易十四的报告中对康熙的长相有过详细描写，说他“威武雄壮，身材匀称，而比普通人略高，五官端正”，“鼻尖稍圆，略带鹰钩状，虽然脸上有天花留下的痕迹，但并不影响他英俊的外表”。《俄国使团使华笔记》中有荷兰人伊兹勃兰特·伊台斯对康熙容貌的描述，也说康熙脸上有麻点：“康熙与其同时代人路易十四一样，脸上有麻子。选择康熙作为他死于灭花的父亲顺治皇帝的继承人，部分原因是康熙已生过天花，故可望张寿。”
决定让玄烨继位后，顺治帝仍有些不放心，所以他改变了辅政王摄政制度，采取了削弱宗室辅政王的权限，由自己谕定的非宗室亲信大臣辅政，所以他让索尼等四人为辅政大臣，由他们协助母后辅助小皇帝。
用今天科学的眼光来看，当时选择玄烨是完全正确的。