雍正四年(1726年)，云贵总督鄂尔泰数次上书，全面阐述改土归流的必要，奏请立即推行。他建议对不法土司用计擒为上，以兵剿为次;使其自动投献为上，勒令纳土为次;既要用兵，又不专恃用兵。以武力相震慑，力争以政治手段解决。他要求调整云﹑贵﹑川等省边境的不合理的行政区划，以便统一事权，使地方官相机行事。雍正帝对此甚为赞赏，令其悉心办理。
同年五月，首先平定贵州长寨土司的叛乱，设立长寨厅(今贵州长顺)。不久，清廷将原隶属四川的乌蒙﹑镇雄﹑东川三土府划归云南。鄂尔泰派游击哈元生领兵摧毁了叛乱的乌蒙土知府禄万锺﹑镇雄土知府陇庆侯的势力，改设乌蒙府(后改称昭通府，今云南昭通)﹑镇雄州。
云贵改土归流的巨大声势，很快冲击到广西地区。五年，清廷以威慑力量革去泗城土知府岑映宸的职务，在其属南盘江以北地区设置永丰州(今贵州贞丰布依族苗族自治县)，划归贵州统辖。
雍正帝为使云贵广西的改土归流事务得以统一筹划，特于雍正六年(1728年)底任命鄂尔泰为云﹑贵﹑广西三省总督。同年，命贵州按察使张广泗在黔东南推行改土归流政策。张广泗带兵深入黎平府古州(今贵州榕江)﹑都匀府丹江(今贵州雷山)苗﹑侗等族村寨，设厅，置同知，理民事。与云贵广西接界的湖南﹑湖北﹑四川等省的土司，本来就靠近内地，势力有限，在形势压力下，纷纷请求交出世袭领地及土司印信，归政中央。于是在各该省长吏经营下改设村县。
在废除土司世袭制度时，对土司本人，根据他们的态度给以不同的处理。对自动交印者，酌加赏赐，或予世职，或给现任武职。对抗拒者加以惩处，没收财产，并将其迁徙到上述六省以外的内地省份，另给田房安排生活。在设立府县的同时，添设军事机构，如云南增设乌蒙镇﹑昭通雄威镇﹑普洱元威镇，贵州增加古州镇﹑台拱镇，广西另设右江镇，湖广添永顺协﹑永绥协等。清政府在改土归流地区，清查户口，丈量土地，征收赋税，建城池﹑设学校，原来土司只交纳很少的贡赋，而将残酷掠夺属民所得的大量银两尽收于己。改土归流后，变革赋役方法，废除原来土司的征收制度，与内地一样，按地亩征税，数额一般少于内地。土民所受的剥削稍有减轻。改土归流的地区，包括滇﹑黔﹑桂﹑川﹑湘﹑鄂六省，其中贵州省改土归流的地区之广，大约相当于原设府县的面积。改土归流所涉及的民族很多，有壮族、彝族﹑苗族﹑哈尼族、布依族﹑侗族﹑瑶族﹑水族等。