戊戌政变之后，慈禧就明白，仅仅这个政变，光绪与她之间就没有了重新和好的可能，所以从那时起，慈禧就一直谋划着废黜光绪，这个计划因种种原因未能实施，慈禧只好先维持现状，之所以维持现状，是因为慈禧确信，只要自己活着，光绪就翻不过她的手心，所以她也不急，可以慢慢再想办法、再等机会。当庚子年八国联军进逼北京，清兵屡战屡败无力阻止洋兵，慈禧感觉走头无路，准备自杀时，她就决定不能让光绪活在世上。此事《景善日记》有记载，其内容如下：
七月十八日，洋人愈逼愈近。裕禄之兵在北仓杨村蔡村等地，大败三次，裕禄逃入一棺材店，继而自杀。李秉衡于十四日到河西，务用尽心力，以收集军队。而张春发、陈泽霖二人均不愿战，李遂仰药以死。荣禄入宫，报此消息于太后，君臣相对而泣，皆诸王公及拳匪所酿之祸，使吾国家至于此也。荣禄乃极聪明之人，自此并不表曝己之先见。老佛(即指慈禧)言：出走不如殉国，并令皇帝亦殉之。
这段记载最重要的有两处，一处是最后一句：“老佛言，出走不如殉国，并令皇帝亦殉之。”就是说，还在此时，慈禧就已经决定，她自己若死的话，决不会留光绪皇帝活在世上。由此可见，杀光绪并不是将死之时的临时决定，而是一贯方针，就是不许光绪逃脱自己的掌握，自己要死，必将要拉上光绪，不会给他独自执政的机会。
这处记载的另一重要之处，是“荣禄乃极聪明之人，自此并不表曝己之先见。”荣禄是一直反对用义和团攻打洋人使馆的，认为那样必会惹出大麻烦，慈禧却没听荣禄的话，一意孤行，既同时向十二个列强国宣战，又命义和团与清兵一起攻打洋人使馆，事情终于闹得无法收场，洋兵节节进逼京城，此刻，面对荣禄时，慈禧的心中肯定是既羞且愧，这时如果荣禄宣称自己早就说过如何如何，虽然没责备慈禧的意思，但宣扬自己的先见之明，也足以让慈禧在羞愧难以化解之下，对荣禄生出厌恶甚至杀心，这叫“恼羞成怒”，荣禄很聪明，小心翼翼的不触动慈禧的羞愧之处。
在八国联军入京，慈禧仓皇西逃，继而感觉按老一套无法走了，国家必须维新方有出路，在此时，慈禧面对光绪时，心中自然也有羞愧的感觉，当然，慈禧绝不能当着光绪的面表露出羞愧，即便面对群臣有所表示，如《庚子国变记》中所写的“太后每见臣工。恒泣涕引咎。臣下请行新政，多所采纳。”那也是为挽回人心的一种需要，一种工作方法，决不是慈禧真的潘然悔悟，从此要洗心革面、发奋图强，另外，慈禧的“泣涕引咎”，假装十分痛悔，那也是掩饰羞愧的方法之一。而光绪并没有如老奸巨猾的荣禄那样，小心翼翼的呵护慈禧的羞愧，例如《近代稗海》的这一段记载，写慈禧在洋人走后重新回到北京时的作为以及光绪的表现：
回銮未数日，大臣即议筹款建正阳门楼。光绪曰：“何如留此残败之迹，为我上下儆惕之资。”而慈禧却以诸臣之议为是。还召外优演剧。光绪说：“这是何等时光，还唱得什么戏。”被一小太监听到，怒曰：“你说什么？”光绪赶紧说：“我胡说，你千万莫声张。”
这样一个爱说真话的光绪，估计经常在不留意时，让慈禧羞愧，慈禧以群臣之议为是，支持重修正阳门楼，除过她爱好奢华的特点外，恐怕也有护羞的逆反心理在作怪。光绪没有荣禄的心机，光绪也对慈禧恨得太深，尽管时时掩饰，但那种从内心深处的仇恨是很难完全掩饰住的，在一些小事上不经意的就会露出来，时时刺激慈禧的羞恶之心，使她时时牢记不能放过光绪，这样，在她自知将死之时，首先想到的便是先杀害光绪。