梁山最大的派系无疑是宋江自己的派系。宋江的嫡系主干是由三部分组成的，第一部分是他的嫡系中的嫡系，这包括宋江上梁山前的好友加兄弟花荣、朱仝、雷横，他的亲弟弟宋清，以及江州大牢里曾经同生共死的戴宗，还有小跟班李逵，日后主动投靠过来的吴用，还有他的徒弟孔明、孔亮，及贴身护卫吕方、郭胜；第二部分是依附宋江的小派系。主要是青州的降将秦明、黄信，其中秦明是花荣的妹夫，这层关系秦明似也可以归入宋江嫡系中的嫡系。清风山的燕顺、王矮虎、郑天寿，加上后来嫁给王矮虎的扈三娘。揭阳镇的李俊、李立、穆弘、穆春、张横、张顺、童威、童猛、薛永、侯健。黄门山的欧鹏、蒋敬、马麟、陶宗旺。这些都是宋江直接招募来的；第三部分就是间接投入宋江派系的人马，如自己来投奔的石勇，戴宗招募来的杨林，李逵招募来的汤隆、焦挺、鲍旭等。总共37人，占梁山组织的三分之一。
梁山的第二大派系是鲁智深的三山系统。三山原指二龙山的鲁智深、杨志、武松、施恩、曹正、张青、孙二娘；桃花山的周通、李忠；和白虎山的孔明、孔亮。但是考虑到孔明、孔亮是宋江的徒弟这层关系，而且两人在梁山上又一直担任老大的贴身侍卫，所以应该归在宋江嫡系。相反少华山的史进、朱武、陈达、杨春同鲁智深的关系更为密切，所以三山应指二龙山、桃花山和少华山。这个派系有13人。其中武松同宋江渊源很深，早在柴进庄上，武松就为宋江所笼络。
梁山的第三大派系则是原梁山的晁盖系统，晁盖死后林冲就是这个派系的老大。他们就是宋江上梁山初坐左边的那九个头领，林冲、刘唐、阮小二、阮小五、阮小七、杜迁、宋万、朱贵、白胜。再加上日后由李逵带上山的朱贵的兄弟朱富。这个派系是资格最老，对梁山贡献最大的派系。其中刘唐和三阮都是和吴用一起劫生辰纲的生死兄弟，同宋江也颇有渊源。而林冲同三山系统的老大鲁智深则是生死之交。这个派系共有10个人。
梁山的第四大派系是降将派系，主要是由几次政府征讨梁山和梁山主动攻击政府军时被梁山收服的政府军军官组成。林冲、秦明、花荣等虽然也是前政府军军官出身，但是同梁山另有渊源，所以不算在降将派系中。这个派系比较松散，名义上的领袖是大刀关胜，是由三个小派系组成，再加上双枪将董平、急先锋索超。三个小派系是呼延灼派系、关胜派系和张清派系。呼延灼派系主要是梁山破高唐州后，第一次朝廷派出征讨军的军官，有呼延灼、韩滔、彭[王己]、凌振等4人。关胜派系是一个比较大的派系，主要是梁山攻打大名府时，朝廷派出的两支征讨军的军官，共有关胜、宣赞、郝思文、单廷珪和魏定国等5人。张清派系是梁山打东昌府收服的东昌府政府军军官，张清、龚旺和丁得孙三人。这个松散的降将派系总共14人。但考虑到单个派系的人数都比较少，整体上的联系又不够紧密，所以无斋主人将其排在第四大派系。
梁山的第五大派系是卢俊义派系。卢俊义上梁山很晚，但还是有自己的班底的。主要成员是忠心耿耿的燕青和在北京大牢中结下生死情谊的石秀（石秀同卢俊义的关系可比戴宗同宋江的关系），以及帮过他的蔡福、蔡庆兄弟。杨雄、时迁同石秀原属一个小集团，联系也十分紧密，所以因为石秀的关系，这两人也归在了卢俊义的派系。卢俊义派系共有7人。
除此之外，梁山还有不少小派系。比如孙立的登州派系，这批人就是三打祝家庄时投奔梁山的解珍、解宝、孙立、孙新、邹渊、邹润、顾大嫂和乐和等8人。这个派系的人数不少，但缺乏重量级的人物，所以只能算个小派系。