康熙元年（1662）十一月，北方已经进入初冬时节，万物萧索，所有生物都萎缩着，准备度过漫长的冬季；南方虽然还有绿色，但是在一股股寒潮侵袭下，大地也已经不再葳蕤，有了一种苍茫的颜色。湖州市陷入到莫名的恐惧之中——公安部副部长罗多同志率领数十个全副武装公安人员径直来到湖州，事先没有通知浙江省负责人，到了湖州也没有通知湖州市负责人，如虎狼一般直扑湖州市郊区的南浔镇，把庄允城和朱佑明的宅邸围了个水泄不通。
最近一段时间，庄允城和朱佑明虽然内心忐忑，却绝对没想到天朝会派人来直接介入此案，因此毫无防备，在家里束手就擒。罗多把他们押解到湖州市，湖州市领导方如大梦初醒，赶忙布置接待，此时庄允城和朱佑明已经被打入死牢，等候审讯发落。
罗多首先寻找《明史辑略》刻版，庄允城招供说刻版已经由湖州市领导陈永明收去。罗多这才打电话找来湖州市现任市长谭希闵，向谭希闵追询。此时，前任市长陈永明已经办理离休手续，谭希闵说他到任仅一个月，不记得陈永明离开时交代过有《明史辑略》刻版一事。罗多副部长传来管库人员质问，库吏正是那个撮成庄允城和陈永明之间交易的周国泰，周国泰怕把陈永明的丑事抖搂出来，把自己牵扯进去，一口咬定陈永明市长已经将《明史辑略》刻版移交给谭希闵。罗多又派人询问陈永明，陈永明害怕暴露受贿一事，也一口咬定离休之前把刻版转交给了接任市长谭希闵。谭希闵口舌无辨，目瞪口呆，被罗多副部长认定有意陷害前任，当即判处绞刑，死在了任上。罗多副部长押解庄允城、朱佑明于当年十一月下旬抵京结案。
庄允城对事情的严重性严重缺乏估计，即使被押解进京了还幻想上疏申辩，以为天朝明察秋毫，谅解他没有什么政治图谋，可以脱罪。这是一种典型的“小民”思维，与天朝的政治逻辑风马牛不相及——天朝从来不会认为个人动机（不管好的动机还是坏的动机）可以给事件造成推力，天朝看重的是推动事件形成和发展的政治动因。那么，天朝从《明史辑略》非法出版问题上看到的政治动因又是什么呢？这个问题深刻而又复杂，我放到后面再说。有一点确定无疑：事件远远不是庄允城那几句解释就可以说明白的，这也就意味着事情铁定要向庄允城无法预料的方向发展，庄允城无法为自己做无罪辩解，这时候他事实上已经成为了砧板上一只等待分解的肉鸡。
庄允城被关入刑部监狱，受尽了折磨。尽管刑部曾让他与检举揭发者吴之荣在堂上对质，但刑讯人员只是让他确认《明史辑略》是否自己所编，接下来就让他在罪状上画押。画押就等于服罪，庄允城深知这一笔画下去的后果，决不从命。庄允城老泪纵横，悔不当初，不胜凄楚。几经酷刑折磨，气息奄奄，不到一个月就怀着一腔怨愤于腊月二十三日庾死狱中。
朱佑明与吴之荣对质时，吴之荣抓住《明史辑略》上的“朱史氏即朱佑明”一条，咬定朱佑明参与修订“逆书”。朱佑明极力否认，即使受鞭笞火烙也在所不惜。一个偶然的机会，朱佑明与同样押解到京审讯的湖州市教委主任赵君宋关押一处，朱佑明请赵君宋为他辩护遮掩，说：“赵主任您是目前唯一看过原书、最早指出逆书有违碍之处的人，对于朝廷来说也算有功，必得释放，如果你老人家救我一家人性命，我情愿把一半家产分给你。”
赵君宋主任见钱眼开，即使死生存亡之际，面对数十万两白花花银子的诱惑也无法保持平静，满口答应。刑部提审时，赵君宋信誓旦旦：“原刊书中‘朱史氏’三字下没有‘即朱佑明’等字，犯人（指赵君宋自己）有书为证。”这是案情的重大逆转，刑部把赵君宋重新押回湖州，按照赵君宋的供述和指点，在湖州教委大楼一间堆放杂物的房间壁橱里找到了那本原刊的《明史辑略》。
赵君宋做了一件蠢事！吴之荣是为了报复庄允城和朱佑明才携书具状上告的，他不想伤害无冤无仇的作序的李令皙以及参订之人，所以在给刑部送呈那部《明史辑略》之前扯去或挖改了印有序言和参订者姓名的册页。虽然庄允城受刑不过招认曾经请李令皙作序，但庄允城已死，李令皙无证无质，尚有活命的余地，而赵君宋献书一出，证据俱在，所有开列在书页上的人就都无法逃脱了。
康熙二年（1663）正月二十日清晨，湖州市突然戒严，所有城门都关闭起来，城中文武官员率数百名八旗子弟兵，分别按照书中有名姓者之各家，无论父子兄弟祖孙及奴仆内外男女全部拿获，仅李令皙一家就绑缚了一百多人，甚至包括前来拜年的亲戚、邻居。庄允城和朱佑明两家被拿获数百人，湖州以外的涉案人员，也在很短时间内被缉拿归案。是时，皇权从顺治帝传递到了康熙帝手里，康熙帝尚年幼，依照顺治帝遗诏，由鳌拜等四大臣辅政，这意味着国家统治机器完好，一丝不减其效率与功能，能够对危及存在的任何存在做出反应。
康熙二年（1663），庄廷珑“明史案”正式结案——就像两千多年以来在这块土地上一再上演的那样，牧者开始杀羊了！以康熙帝名义颁行天下的圣旨严厉而具体：凡参与组织、编写、刻版、印刷装订、买卖“逆书”以及有书不缴者均处以极刑，格杀勿论，各家财产藉没，案犯男性家属，凡年满15岁以上均判绞杀。
五月二十六日，上千名囚犯被圈拢在杭州市弼教坊广场等候结局。囚犯们脸色苍白，浑身哆嗦，涕泗横流；白发苍苍的老妪、怀抱婴儿的少妇、尚未成人的儿童呼天抢地，泪水横飞。国家机器的声音回旋在寂寥的长空：“庄廷钺，凌迟处死！朱佑明，凌迟处死！李令皙，凌迟处死……”在行刑手锋利的刀片下，一片片肌肤被割下，鲜血像小溪一样流淌，淹没了行刑手脚面，在大地上蜿蜒，惨绝人寰的叫声就像人类向这个世界发出的最后的控诉，响彻寰宇；负责砍杀的刽子手将犯人逐个推到行刑台上，大刀翻飞，寒光闪烁，鲜血喷涌，人头就像某种物件一样随地乱滚……国家完全疯狂了，他们向手无寸铁的人民下手了，广场上腥风血雨。所有这一切，无非是因为人民中一部分特别敏感的人（知识分子）行使了思想的权利，无非是这些人说出了自己的思想，他们就不干了，就疯狂了。在整个“明史案”中，被诛杀的人竟达70人之多。
国家机器像野兽一样凶残，内心充斥着一种变态的残忍欲望，主要人犯的鲜血也不能满足它的渴求——庄廷珑、庄允城虽已身死，仍被掘墓剖棺，枭首碎骨，庄廷珑的尸体被悬吊在杭州城北关城墙上示众达3个月之久，后被寸磔，骨架被抛入护城河，其家人无一幸免；朱佑明被凌迟处死以后，妻子徐氏吞金自尽，朱念绍、朱彦绍、朱克绍等3个儿子和侄子朱绎先与朱佑明一道被斩首，不满15岁的幼子发配戍边，家眷流放，家产被抄没；参与修订的18人当中，活着的17人全部被诛杀，死去的那个人被从棺材中挖出尸体肢解成36块，其9岁的儿子也被诛杀；刻字工汤达甫、印刷工李祥甫，虽仅是为养家糊口而招揽生意，也惨遭屠戮。
我再简单交代一下出现在故事中另外一些人的下场：湖州市长谭希闵以隐匿罪被绞杀；自以为首告和献书有功的赵君宋因藏“逆书”而被处斩；湖州市离休市长陈永明自知难逃劈毁书版灭失罪证之罪，在山东自杀身亡，清廷派人将其尸体运到杭州，当众磔尸36块，就连他的弟弟、江宁知县陈永赖也被绞杀。
我们谈论的是知识分子话题，很有必要知道在这场惨绝人寰的“文祸”大屠杀中，还有哪些知识分子命丧黄泉？据我了解有如下诸人：张寯，博士弟子，藏书甚丰，于经史百家无不得其旨趣，着有《西庐诗草》四卷，曾经参与修订《明史辑略》中明代理学家传记的写作。“明史案”发作时张寯已经70多岁，3年前因感慨世事纷争、祸福不定而削发为僧，遁入空门，被逮捕时正在灵隐寺诵经，也没有逃脱被诛杀的命运，全家男女老小均锒铛入狱，或者杀掉，或者流徙，家破人亡；蒋麟征，字西宿，其人诗文敏妙，风姿绰约，因为家境困难不得已接受庄氏招聘参与《明史辑略》修订，后来觉得苦不堪言，没有最后完成，竟也遭到诛杀；茅元铭，字鼎叔，以明经为学，少有文名，参加《明史辑略》编纂仅数月就辞职不干了，结局与蒋麟征无异，也是全家抄没，被凌迟处死；湖州名士吴之镛、吴之铭兄弟、进士韦明杰之子韦全祉均被斩首；为《明史辑略》作序的李令皙宁致死也没有供出真正作序的陶铸，被凌迟处死以后，其4个儿子无一幸免，均被斩杀。李令皙最小的儿子刚满16岁，法官悲悯，暗示他减供1岁，逃过劫杀，这个刚烈少年却说：“父亲兄长既已被杀，吾岂能独活？！”慨然赴死。
与此形成鲜明对照的是，地痞流氓吴之荣反而成为了国家英雄，不仅得到庄允城与朱佑明一半家产的奖励，还当上了“右佥都御史”，就是说，成为了国家权力大厦上的一块砖石——这不能说吴之荣荣幸，只能说国家权力具有与流氓无赖相同的特性，吴之荣附着在这里严丝合缝，可丁可卯。据此我们可以认为，所有冠冕堂皇的皇上、皇权、宫廷等等组成国家机器的东西，都具有与吴之荣之类卑劣灵魂相同的质地和特性。
让我们稍感熨帖的是，在人间泯灭正义与良知，残忍和凶暴恣意横行的时候，老天爷说话了：一位叫范韩的文人在《范氏记私史事》记载，康熙四年（1665）七月，“吴之荣归自闽中，行至半山，狂风骤起，雷电交加，之荣随成疟疾，寒热夹攻，两日而死，人皆称为天雷击死之。”