这个问题的更准确的提法是：薛宝琴为何被排除在“金陵十二钗正册”之外？
我们都知道，在《红楼梦》第五回，贾宝玉在太虚幻境的“薄命司”里，偷看了暗示书中诸女子命运的簿册，首先翻开的是“金陵十二钗又副册”，只看了关于晴雯和袭人的两页便掷下了，从中读者可以领悟，“又副册”里大概收的都是与晴、袭相类似的大丫头，估计紫鹃、莺儿等都在其中；后来又写到揭看“金陵十二钗副册”，却只看了一页，是关于香菱
的，因“仍不解”，竟又掷下，不过读者可以猜出，“副册”里收的，可能还有平儿，也就是虽然开头是丫头，可是后能“扶正”，那样的身份以上的女子。宝玉完全翻阅一遍的，是“金陵十二钗正册”，按顺序，是林黛玉、薛宝钗并列，然后是贾元春、贾探春、史湘云、妙玉、贾迎春、贾惜春、王熙凤、李纨、巧姐、秦可卿。后来警幻仙姑让他聆听“新制《红楼梦》十二支”词曲（实际上是十四支），对金陵十二钗命运暗示的顺序也是这样。
在《红楼梦》第四回里，出现了至关重要的“护官符”，开列出了贾、史、王、薛四大家族。稍微研究一下“金陵十二钗正册”的名单就不难发现，里面除了妙玉一位，其余十一位都是四大家族的成员，元、迎、探、惜是贾家小姐；史湘云是贾母娘家史家的小姐；林黛玉是贾母女儿的女儿，虽然姓了林，其实是贾、史两大家族的骨血；王熙凤既是王家的小姐，又嫁到了贾家为媳，她的女儿巧姐不消说也兼有贾、王两族的血脉；李纨和秦可卿本身不是四大家族的血统，但她们嫁到贾家为媳，也就取得了贾家的身份。按说这“正册”里应该全收四大家族的成员，不必掺进妙玉。
当然，倘若在我们所看见的，大体是曹雪芹原著的《红楼梦》前八十回的文本里，属于四大家族的“主子”身份的女性，再没有什么太醒目的，“钗”数不够，那么，以妙玉补充，也就不奇怪了。可是，却明明有一个施以了重彩的薛宝琴赫然存在。
在前八十回里，写到妙玉的笔墨其实非常有限，“正传”性质的，也就第四十一回栊翠庵品茶一场戏罢了，只占半回书，仅一千多个字。后来第七十六回凹晶馆黛玉、湘云联诗，人家二位是主角，她最后出来了一下，只能算是陪衬。其余几次提到她都不过是暗场处理。
但曹雪芹在前八十回里对薛宝琴的描写，远比妙玉为多。第四十九回，薛宝琴与李纹、李绮、邢岫烟同时出场，“倒像一把子四根水葱儿”。虽说四个女子都美，但宝琴独得贾母青睐，立时逼着王夫人认作干女儿，还不让住进大观园，留在自己身边一块儿住，看天上下雪珠儿了，又把连宝玉也没舍得给的一件用野鸭子头上的毛作的凫靥裘拿给她，还让丫头琥珀传话，“叫宝姑娘别管紧了琴姑娘……让他爱怎么样就怎么样”，竟惹得薛宝钗吃起醋来。书中还特别为薛宝琴设计了从远推近的“定格镜头”：“四面粉装银砌，忽见宝琴披着凫靥裘站在山坡上遥等，身后一个丫环抱着一瓶红梅……贾母喜的忙笑道：‘你们瞧，这山坡上配上她的这个人品，又是这件衣裳，后头又是这梅花，像个什么？’众人都笑道：‘就像老太太屋里挂的仇十洲画的《双艳图》。’贾母摇头笑道：‘那画的那里有这件衣裳，人也不能这样好！’”后来荣国府元宵开夜宴，贾母让最钟爱的四个孙辈与自己同席，这四个人是宝琴、湘云、黛玉、宝玉，宝钗只落得去“西边一路”与李纹、李绮、岫烟、迎春姊妹等为伍。贾母的极端宠爱，产生出连锁反应，后来贾府大总管赖大家的专门送了两盆上好的腊梅和水仙给薛宝琴，宝琴也很会作人，她把一盆腊梅转送给了探春，一盆水仙转送给了黛玉。
人见人爱的薛宝琴“年轻心热，且本性聪敏，自幼读书识字”，书中竭力表现她的才华横溢，芦雪庵争联即景诗，她与宝钗、黛玉共战湘云，妙句迭出，从容自如；后来吟红梅花诗，技压李纹、岫烟；第七十回众人填柳絮词，唯独她那首《西江月》声调壮美；尤其是第五十一回，她一人独作怀古诗十首，以素习跟着父亲所经过各省内的古迹为题，每首还各隐一件物品；虽然历代“红学”家对这十件物品的谜底始终未能达成共识，但大多数研究者都认为这十首“新编怀古诗”又暗示着书中十位女子的命运，只是它们分别是在暗示谁的命运？倘是暗示“金陵十二钗正册”诸钗的命运，那怎么又仅有十首？……不管怎么说，这十首诗的出现使这一人物在全书中的分量大增，是显而易见的。更值得注意的是，书中借薛姨妈的话介绍她说：“他从小儿见的世面倒多，跟他的父母四山五岳都走遍了。他父亲是好乐的，各处因有买卖，带着家眷，这一省逛一年，明年又往那一省逛半年，所以天下十停走了有五六停了。”所以她的见多识广，其实远在贾宝玉和“金陵十二钗正册”中任何一钗之上！她八岁时跟父亲到西海沿子上买洋货，还接触过真真国的披着黄头发、打着联垂的洋女子，甚至还藏得有那女子的墨宝，书中并写到她向宝玉及黛、钗、湘等凭记忆念出了一首那真真国美人所写的五律诗。（“西海沿子”可能指里海边上，“真真国”可能指现译为车臣的地区，将另撰文探讨。）
第五十三回写宁国府除夕祭宗祠，按说薛宝琴是外姓女子，又没有嫁到贾家为媳，她是不该在场的；倘若她可以在场，那么为什么薛宝钗、邢岫烟等不去参观？但书中却写到偏只有她一个外姓女子随着贾氏诸人进入了祠堂，从容旁观。早在清代就有评家指出这样的描写不合当时的风俗礼仪。曹雪芹为什么要这样处理？是不是至少在他早期的构思里，薛宝琴是一个贯穿到底的贾府由盛到衰的旁观者？
前八十回里，写到贾母曾起过将薛宝琴配给贾宝玉的念头，后来薛姨妈代为说明，宝琴父亲已死，母亲有痰症也时日不多，但她父亲在世时已将她配给了梅翰林之子，她之所以随哥哥薛蝌进京，就是等梅翰林外任期满回到京城，好嫁过去完婚。那么，在曹雪芹所写成或至少是设计好的八十回后的篇章中，她究竟是否嫁给了梅翰林之子并终守一生呢？从八十回文本和脂砚斋批语的逗漏，我们可以推测出来，她后来的命运并非就此绾定。她的吟红梅诗里有这样的句子：“闲庭曲槛无余雪，流水空山有落霞。”表面上这都是紧扣“红梅”说事
，其实，从“丰年好大雪”到处处“无余雪”，“流水空山”好落寞，恐怕都暗示着薛氏家族的整体瓦解，她最后也只能是入“薄命司”而不可能例外。她那首吟柳絮的《西江月》词中有句曰“明月梅花一梦”，恐怕是暗示着她最后并未能如约嫁到梅家；那么，她没嫁给姓梅的又嫁给了谁呢？我认为她那十首怀古诗的最后一首恰是说她自己的：“不在梅边在柳边”，也就是说，她最后的归宿，竟是与柳湘莲结合了。凝神一想，尤三姐虽是真情而屈死，究竟未必能配得上柳湘莲，而薛宝琴与柳湘莲在“浪游”的经历与“壮美”的气质上，实在是非常相配。
从脂砚斋的批语里我们得知，曹雪芹在书末设计了一个情榜，对贾宝玉的考语是“情不情”，对林黛玉的考语是“情情”，可惜这样的透露性批语传下来的太少，我们现在还只能是猜测。据周汝昌先生考证，书末的情榜应是仿《水浒》的好汉排座次，除宝玉外，也是一百零八位“脂粉英雄”，按每一组十二人编排，共分九组，也就是从“金陵十二钗正册”、“副册”、“又副册”、“四副”……一直到“九副”。有不少证据，说明曹雪芹在写作过程中，对每一册的名单都一再地斟酌调整，比如香菱，他可能有过将其列入“正册”的考虑，后来调整为“副册”头一名；“正册”呢，我以为，本来应该是有薛宝琴的，这样也恰好与“护官符”的四大家族完全契合，但到头来，由于他对妙玉的看重，特别是，八十回后妙玉对宝玉的命运起着非同小可的作用，其意义超过了薛宝琴与柳湘莲遇合的故事，所以他终于还是割爱，让薛宝琴从“正册”中落榜。不过，可以断定的是，薛宝琴会在“副册”中出现，而且很可能在香菱之后居第二位。