井上馨走马上任的第一要务就是确立货币本位，这正是金融高边疆的最重要的基石。可见井上馨的眼光相当了得，一眼就看出了财政金融问题的要害。
他面临的现实困境就是货币混乱。自德川幕府以来，日本的货币就在不断贬值，货币本位极不稳定。到1869年，日本市场上共有11种金币流通，占金属货币流通量的54%，7种银币占42%，另外还有6种铜钱，各自藩镇还发行了五花八门的纸币，简直就是一个货币的春秋战国时代。【6】当时，主管日本财政的大久保利通，乃至整个新政府的主要头脑们，基本都没有现代国家的财政金融知识。一开始，大伙儿都认为应该实行银本位，本来银子在日本就是主要流通货币。因此政府在1868年2月，宣布白银为主要流通货币，在通商口岸接受墨西哥银元为支付手段。但此时远在美国考察银行制度的伊藤博文发来信件，认为应该采用金本位：“奥地利、荷兰和其他一些仍在实行银本位的国家，可能是由于转换旧货币体制的难度太大。如果他们能够重新选择货币本位的话，毫无疑问，他们都会选择金本位。所以对于日本来说，明智的选择是跟随西方的主流倾向。如果日本建立金本位，白银仍然可以作为辅币进行补充。”【7】大家本来对这个问题就稀里糊涂，既然伊藤博文正在美国考察银行业，势必代表着西方最新的思想，因此大伙儿很容易就统一了金本位的思想。同时进行了“废两改元”，以后的日本货币被称为日元。这比中国早了70多年。
明治新政府成立当年，就立刻派伊藤博文到美国考察银行体系，可见日本对金融问题的高度敏感，远非大清帝国所能比拟。其实，伊藤博文也并不精通金融事务，他只是在美国实地了解了一些当地银行业的基本框架，根本来不及消化和吸收。他力主模仿美国的国家银行体系在日本进行复制，结果是轰轰烈烈的国家银行运动所创造出的153家银行，到19世纪末全部改制为普通商业银行或私人银行。
但就金本位而言，伊藤博文的确判断力不俗。日本在不经意之间，站到了大英帝国的一边，属于站对了立场。不过由于日本当时黄金稀缺，白银仍是主要流通货币，真正实现金本位被推迟到1897年。当大清甲午战败的2.3亿两白银赔款，从英格兰银行以英镑的形式，付给了日本横滨正金银行的伦敦分行，在扣除53%的英国战争借款和军火购买之后，剩余的钱分别购买了英国国债和陆续换成黄金，分批运回日本，成为金本位建立的家底。
井上馨要推行财政金融新政，手上又没钱，自然要和日本最大的金主三井家族打交道，双方关系很快打得火热。由于三井为新政府的建立立下了汗马功劳，论功行赏也要大大褒奖，更何况以后要求三井的地方多了，于是井上馨将经理国库的肥差交给了三井。不过为了以示公平，三井还要与另外两家老钱庄分享这块大蛋糕。
1871年，日本国家造币厂开始铸新币时，三井马上又得到了政府特许代理人的美差，负责将全国流通的所有旧币回收，然后推广新货币。
井上馨毕竟留过洋见过世面，他强烈建议三井家族将传统落伍的钱庄票号，转变为欧美现代银行。当三井反应过来银行可以发行自己的钞票时，立刻明白了中间的巨大利益。以75%的储备金来发行钞票，多发的部分不就是空手套白狼吗？三井终于悟出了银行信用货币可以放大的秘密。这样的好事岂能放过，三井立刻向政府申请150万～200万日元钞票的发行权，而且要具备国家法币的效力。三井梦想着成为“日本的英格兰银行”！
1871年7月，三井递上开办银行的牌照申请。这是日本有史以来第一个银行牌照申请。8月，财政部的批文就下来了，其中还包括井上馨提交内阁批准的时间，效率奇高。更妙的是，政府在美国已经印好的钞票将立刻转交三井，由三井直接发行，连印刷都省了。
三井正在狂喜之中，不好的消息却传来了。由于伊藤博文的建议，政府突然改变了主意，要学美国建立国家银行体系。所谓国家银行并非官办银行，而是具有发钞权力的股份制银行。但是，三井偏好家族能完全控制的私人银行体制，对和别人合作没有太大兴趣。井上馨为了补偿三井，将680万日元的财政券和250万殖民券的发行生意，交由三井来做。这两种政府券都是号称可兑换金币的钞票，但由于日本根本没有这么多的黄金而无法兑现。三井虽然也赚了不少，但仍然对能够发钞票的银行这一巨大的诱惑朝思暮想。【8】在井上馨反复做工作的情况下，三井不情愿地同意与两家老钱庄合资，建立了第一国立银行，主要负责经理国库。这可是笔巨大的买卖，所有国家财政收入都要经过它的手，相当于得到了一笔天文数字的资金沉淀，放贷也好，投资也罢，三井的资金实力变得超级雄厚。美中不足的是，这么大的好处居然要和别人分享。
消灭对手的机会终于来到了。
日本财政部“突然”意识到，国家的钱都存放在股份制的第一国立银行不一定靠谱，准备搞一次突击检查，看看这三家主要股东是不是有足够的资本。由于井上馨的通风报信，三井提前做好了资金准备，而另外两家则立刻露出了马脚。由于无法拿出足够的现金，被政府强制关了门。
在井上馨的帮助下，三井终于独霸了第一国立银行的国库经理大权。
难怪在日本政坛上，井上馨的外号就是“三井的大掌柜”。