【本经】味苦平。主诸热黄疽，肠澼，泄利，逐水，下血闭，恶创恒蚀，火疡。一名腐肠。生川谷。
味苦，气寒，入足少阳胆、足厥阴肝经。清相火而断下利，泻甲木而止上呕，除少阳之痞热，退厥阴之郁蒸。
《伤寒》黄芩汤，黄芩三两，芍药二两，甘草一两，大枣十二枚，若呕者，加半夏半升，生姜三两。治太阳少阳合病，自下利者。以太阳而传少阳，少阳经气内遏，必侵克戊土，而为呕利。逆而不降，则壅迫上脘而为呕，降而不舒，则郁迫下脘而为利。利泄胃阳，则入太阴之脏，利亡脾阴，则传阳明之腑。少阳以甲木而化相火，易传阳明而为热。甘草、大枣，补其脾精。黄芩、芍药，泻其相火也。
《外台》黄芩汤，黄芩三两，半夏半升，人参三两，大枣十二枚，干姜二两，桂枝一两。治干呕下利者。以其中气虚寒，脾陷而贼于乙木，则为下利，胃逆而贼于甲木，则为干呕。人参、大枣，补中培土，干姜、桂枝，温升肝脾而止下利，黄芩、半夏，清降胆胃而止干呕也。
《伤寒》小柴胡汤方在柴胡。用之治往来寒热，胸胁硬满。大柴胡汤方在柴胡。用之治发热汗出，心下痞硬。半夏泻心汤方在半夏。用之治呕而发热，心中痞满。生姜泻心汤方在生姜。用之治干呕食臭，心下痞硬。甘草泻心汤方在甘草。用之治水谷不化，心下痞硬。附子泻心汤方在附子。用之治恶寒汗出，心下痞硬。大黄黄连泻心汤方在大黄。用之治关上脉浮，心下痞濡。
以少阳之经，自头走足，下胸贯膈，由心下而行两胁。经气郁遏，内攻戊土，胃气被贼，胀满不运，外逼少阳之经，结塞不开，是以心胁痞满。结微则濡，结甚则硬。少阳经郁，相火升炎，黄芩清少阳之相火，以泻痞郁之热也。葛根黄芩黄连汤方在葛根。用之治喘而汗出者。泽漆汤方在泽漆。用之治咳而脉浮者，清相火之刑辛金也。干姜芩连人参汤方在干姜。用之治食入即吐者，清甲木之克戊土也。《金匮》鳖甲煎丸方在鳖甲。用之治疟病结为癥瘕，清少阳之郁火也。大黄（庶/虫）虫丸方在大黄。用之治虚劳内有干血，清厥阴之燥热也。当归散方在当归。用之治妊妇诸病，清风木之郁蒸也。黄土汤方在黄土。用之治便后下血，清风木之疏泄也。
甲木清降，则下根癸水而上不热，乙木温升，则上生丁火而下不热。足厥阴病则乙木郁陷而生下热，足少阳病则甲木郁升而生上热，以甲木原化气于相火，乙木亦含孕乎君火也。黄芩苦寒，并入甲乙，泻相火而清风木，肝胆郁热之证，非此不能除也。然甚能寒中，厥阴伤寒，脉迟，而反与黄芩汤彻其热，脉迟为寒，今与黄芩汤复除其热，腹中应冷，当不能食，今反能食，此名除中，必死。小柴胡汤，腹中痛者，去黄芩，加芍药。心下悸，小便不利者，去黄芩，加茯苓。凡脉迟，腹痛，心下悸，小便少者，忌之。
清上用枯者，清下用实者。内行醋炒，外行酒炒。