中国医学史的理论研究是中国医学史研究中是极为重要的。在中国医学史研究中，注意总结中国医学发展的历史经验，探索其内在发展规律是医史研究的根本任务。
选择研究课题是研究工作能否成功的一个重要方面，一般可在上述研究范围内，参考研究任务和目的性，经过对客观需要的调查、研究现状的摸索、取得成功可能性的了解，可以初步确定研究课题。初步课题意向是单一的，也可能同时获得多个课题；初步课题既可能是小的，也可能是一个内容广泛的大课题；初步课题可能是很专门的，也可能是一个包罗很多的复杂课题等等。此刻，如果研究者可以给予分析、鉴别，确定其最佳选择，那么就可根据需要和可能等，将研究题目定下来。不然，研究者在这些初步形成的课题面前感到有些无所适从，或下不了决心，那就可向有关专家、前辈、同事或朋友等请求指导，共同分析这些初步设想的利弊，可能性之大小，资料之多少，调查之难易，研究者的兴趣和知识基础，特别是社会效益、学术价值等，在比较中逐步确定其最佳的选题。
研究课题选定后，研究工作能否取得预期效果，大量收集和掌握有关史料就成为关键所在。一个极好的选题，没有足够史料收集的支持，就不可能形成有说服力的结论，甚至造成研究工作的失败。医学史料之收集主要可分为两大类：即直接史料与间接史料。直接史料，或可称为第一手史料、原始资料。如就医学人物之研究，其档案材料、自传、书信、著作手稿、论著、笔记、遗物、墓志铭等；直接史料还有一个重要来源，这就是考古发掘之所得。一般而论，由地下发掘或由石室、古建中所获者，均有较高的直接史料价值。间接史料，或称为第二手史料，非直接史料一般均属此类。如就医史人物研究而言，非本人撰写的有关传记、回忆录，或经重编的著作、文艺作品、美术雕刻、评述、论文等，或属第三次转引、编录者，故其学术价值和参考意义便有所降低。不过，也有不尽然者。
史料犹如炊米、原料，医史学研究如果没有史料，那就是无米之炊，没有原料的工厂，这个道理很清楚，无需多费笔墨。如何收集好史料，的确存在着方法和技巧问题。如果对所选课题的基本情况已有初步了解。便从直接史料之收集入手，再及于间接史料；相反，亦可由近及远，即由间接之二手、三手资料入手、理出线索，再循序收集更有价值的直接史料。其方法大约有：查阅文献、实地调查、考古发掘、文物征集等。
要善于鉴别医学史料的真伪。如上认真的收集和证购，有可能获得大量有关史料，这就为课题研究创造了良好的条件和雄厚的基础，然而为了确定其真正价值，还要进行科学的鉴别。
民族医药中的精湛技艺和特效方药倍受重视。
医学考古学。这是考古学的一个分支。医史研究与考古学和人类学等交叉研究将要诞生一个新学科，属于科技考古学的范围。在中国，考古学主要是对元代以前的有关人本身的遗骸，和使用的工具进行研究。这许多考古资料，可以补证史书的缺漏和不足，是医学史研究中不可少的。医学考古学与医学史虽有研究的对象和方法不同，但却有着殊途同归、异曲同功之效。与医学考古学直接相连的是中国医史博物馆及其学科。远古以来，在中国的地上地下保存了大量的医药遗址、器物等。有的作为名胜古迹被保留下来，有的则被损毁，有的文物保存在古董商和博物学家手中，有的则被方志、野史笔记、金石学、文献学所收录。近代博物馆中常有关于医药卫生的文物陈列内容和学术研究成果。
随着医史研究的深入和大量医史实物资料的发现、搜集、整理，考古学的发展和博物馆学学科内容的系统分类，在专门博物馆内分划出了医史博物馆。在二十世纪三十年代，中国博物馆工作者就已经提出：“倘今后几百科学，各设专馆，搜集实物，以资稽考，则学子之所诵习者，可以目验，一国富强，民情风俗，以及现代科学之沿革及其应用，俱能一目了然，供其参观。”中华医学会医史学会医史博物馆，创办于1938年，1959年归上海中医学院，在馆藏、陈列、机构建设、人员设置等均不断取得发展，出于教学的需要，陕西中医学院等单位积极筹办医史博物馆，该馆现已升格为陕西省医史博物馆，收藏及陈列均较丰富多彩，大有后来居上之势。广州、吉林、成都、山东、甘肃、湖南、南京、北京、江西等中医学院也相继办起了医史陈列室、馆。中国医史博物馆，其前身是1950年全国卫生展览会的医史部分，后划归中国中医研究院。此后，曾在该院多次复展并得充实发展。经过多年征集医药卫生文物等，于1982年建立中国医史文献研究所时，正式建立了中国医史博物馆，现有文物近4000件。此外，河南南阳有张仲景医圣词、陕西耀县药王山，孙家塬有孙思邈纪念馆、湖北蕲春有李时珍纪念馆，以及陈实功、万全、皇甫谧、扁鹊、吴尚先等古代医家和近代医史遗址，医家的纪念馆遍及各地，还有少数民族的医药胜地，如西藏的药王山、青海塔尔寺的门巴扎仑（医学校）、内蒙古的三镇医学旧址等，都具有医史博物馆的性质。这些医史文物与胜迹，生动而直观地证明了中国医学的悠久历史，给人以深刻的印象。
中国医史博物馆学是中国医学史与博物馆学交叉的一门新学科，是中国医史学的有机组成部分。有着广阔的发展前景和良好社会效益，也是中国医学史的一大特色。
医史工作者的主要任务是阐明过去，阐明过去则是为了认识医史经验教训、评价已往的医史人物，以前人为鉴，为的是今人和后人。因此，医史工作者所从事的劳动，是有益于当代，惠及子孙的事业。
医学史研究所涉及的对象，范围非常广泛，因此，这对医史工作者的素养也提出了更高的要求。医史工作者运用德、识、才、学四条标准，既是对治史能力的衡量，也是对医史工作者基本素养的要求。
史德，即治史的道德和思想品德。秉笔直书，不隐不昧，实事求是，客观的反映实际，是中国史学的优良传统，应该继承和发扬。
史识，就是观察和分析问题、解决问题和总结表述等能力，“这样能力，既包括史学工作者的思维素质与能力，又包括史学工作者的开拓创新精神与能力。史学工作者能够做到，见微知著，洞察底蕴。透过现象，发现本质，言人之所未言，知人之所未知，启示当今，预测未来，这就是‘史识’”。
史学，是指医史知识、医史学的理论。《隋书·经籍志》说：“夫史官者，必求博闻强记，疏通知远之士，使居其位。”尽管这样要求标准不甚完备，但其中“博”与“通”这两条有可取之处。博是指知识结构横向联系，通则是指知识结构的纵向联系方面。所以治医史，除了解医学各方面知识之外，在对专业专精的基础上，根据需要和可能还要具备多种学科的相应知识，才能提高医史学术水平，有可裨益。
史才，中治史的才能，如研究能力，史实真伪曲直的鉴别、分析能力、组织、综合能力、语言的表达及写作能力等等。《四库全书总目·史部总序》说：“史之为道，撰述欲其简，考证欲其详。”对于写出的医史文章和书籍应当论从史出，言必有据，将科学性、艺术性和可读性有机地结合起来，就须要有史才。
中国医史队伍是由医、文、史，哲各科人员组成，整个的知识结构比较合理。还有相当一批医史爱好者，有的人也取得了良好的研究成绩。
在中国医史研究的长河中，医史工作也曾几度风雨，几度春秋，有它轰轰烈烈的年华，也有惨淡失落的岁月。中国医史工作者经受了这种沉浮的考验，近十余年间，我们已培养医史学硕士近百名，医史学博士10余名，更接受国外有志中国医史学博士研究生，以及短、长期考察访问学者等等，表现出了对医史工作强烈的责任感和事业心，难能可贵“青山遮不住，毕竟东流去。”虽然在面前还有种种困难，但中国医史研究正在走向世界，这是大趋势。中国医学通史的完成，是中国医学发展在本世纪九十年代中空前的比较系统全面的一次总结，但绝非最科学完美的终本，尽管现在还存在着许多问题和困难，其他学科文明史需要医史，人民需要医学史，医学发展需要医史，我们相信未来将更加光明。让每一个医史工作者、医史爱好者、热心并支持中国医史研究的志士仁人，为繁荣中国医史研究事业而齐心协力，共同奋斗，使我国医史研究、教学的后来者能在一个更好的基础上大步迈进！