秋战国时期，用药品种日益增多，药物学知识不断丰富。除了用单味药治病之外，还探索多味药组成复方疗疾，因而出现了方剂学的萌芽。
一、本草知识的丰富
出土医书中的药物
（1）阜阳汉简《万物》所载药物：
此书简残损太甚，根据可辨认者统计，共收载药物七十多种。其中玉石类、木部类、兽部类、虫鱼部类、果部类、米谷部类、菜部类等等。
《万物》的记载非常古朴，如“鱼与黄土之已痔也”，“姜叶使人忍寒也”，这些都是比较原始的用法。
（2）马王堆帛书《五十二病方》所载药物《五十二病方》因残损较多，很难确知原来所载方药总数。据帛书整理小组统计，共列药物247种。其中矿物药21种，草类药51种，菜类药10种，木类药29种，果类药5种，人部药9种，兽类药23种，鱼类药3种，虫类药16种，器物、物品类30种，泛称类药10种，待考药名14种。
此外，在马王堆一号汉墓的随葬物品中，还发现不少盛放在香炉或熏炉里有茅香、高良姜、姜、桂、蒽（蕙）、贲、花椒、辛夷、藁本、杜衡、佩兰等。
从《万物》和《五十二病方》来看，说明在战国时期，已经发现了众多的药物，而且对药物的性味功能已有了初步的认识。《万物》是我国迄今发现的以记载药物知识为主的专书，但所载几乎都是单功能药物，其内容简略而古朴。《五十二病方》虽是记载临床治疗的方书，而所载药物之多却是空前的，仅次于后来的药物学专著《神农本草经》。该书所记述之每一种药物已具有多种治病功效，比《万物》前进了一大步。
（1）《山海经》：是一部约成书于战国时期的地理著作，在叙述山川地域及其物产时，也记载了各地出产的药物，共一百多种。其中约有：
如食之多力，食之不愚的补养药；食之宜子孙的生育药；服之不字食之无子的避孕药；服之美人色的美容药：食之无疫疾；食之无大疾；可以御疫的防病疫药；食之可以杀人的剧毒药；可以御百毒，可以为（治）毒的解毒药；可以杀虫的杀虫药；食之不眠，食之无卧的兴奋剂等。
此外，约在这一时期在成书的非医药专著如：《管子》、《离骚》、《昌氏春秩》、《礼记》、《尔雅》等，也都其不同的角度论及了不少的药用植物、动物、矿物等。
二、方剂学的萌芽
春秋战国时期，随着用药知识的积累，逐渐由使用单方过渡到使用复方，并且不断探索组方的原则和理论，方剂学萌芽。
阜阳汉简《万物》记载有一些复方。如“倍力者以羊与龟”，认为龟羊合用，其强身健体之功更著，是复方的萌芽。
《五十二病方》，收载医方283个，如治癃病方、治牡痔熏蒸方等等。从上举诸例可以看出，帛书《五十二病方》，复方大量增加了，而且剂型多种多样，既有内服的，又有外用的，洗浴、熏蒸、涂擦、外敷、充填诸剂齐备。
《内经》奠定方剂理论：《素问·至真要大论》说：“主病之谓君，左君之谓臣，应臣之谓使，非上下三品之谓也。”又说：“君一臣二，制之小也；君一臣三佐五，制之中也；君一臣三佐九，制之大也”。《内经》并非方书，但对方剂理论和组方配伍原则作出了出色的归纳与总结，对后世有很大的影响。