一、《黄帝八十一难经》
简称《难经》或《八十一难》。旧题秦越人撰，该书不但《史记·扁鹊仓公列传》未提及，刘向、刘歆父子及李柱国校医书时也不曾记载，直到东汉未年张仲景著《伤寒杂病论》时才在序文中提到《八十一难》，三国时吴太医令吕广是最早主译《难经》的人。因此，研究者多认为：《难经》成书西汉末期至东汉之间。该书也带有这一时期某些文化印记。《难经》共3卷（一说5卷），是一部以问难形式解释古医药的理论著作：关于《难经》书名的含义。历代学者有着不同的理解和认识，一种观点认为，以“难”字作为问难之“难（nan，发音为四声）”，清·徐灵胎《难经经释·自序》说：“以灵素之微言奥旨，引端未发者，设为问答之语，俾畅厥义也。”另一种观点认为，以“难”字作为难易之“难（nan，音同“男”，二声）”。唐·杨玄操《难经注·序》说：“名为八十一难，以其理趣深远，非卒易了故也。”以上两种理解都有其代表性，从该书体例和文义分析，前一种说法似更符《难经》一书内容之本义。
《难经》的基本内容包括脉诊、脏腑、阴阳、五行、病能、营卫、俞穴、针灸、以及三焦、命门、奇经八脉等理论疑难问题。涉及到人体正常生理、解剖、疾病、证侯、诊断、针灸与治疗，以及阴阳五行学说等种种疑难问题的论述，内容十分丰富，在阐发中医学基本理论方面占有重要的地位。
《难经》现存本以明经厂刻医要集览本与日本武村市兵卫刻宋·王九思《黄帝八十一难》集注本等较早，历代注释，发挥者约50家。
《难经》不但在理论方面丰富了祖国医药学的内容，而且在临床方面颇多论述，除针灸之外，还提出了伤寒有五的理论，对后世伤寒学说与温病学说的发展产生了一定的影响。《难经》对诊断学、针灸学的论述也一直被医家所遵循，对历代医学家理论思维和医理研究有着广泛而深远的影响。
二、《神农本草经》
又名《神农本草》，简称《本草经》、《本经》，是一部重要的药物学典籍。最早被梁《七录》所著录，六朝文献中也有一些关于此书的引述，梁·陶弘景《本草经集注》中指出：“旧说称神农本经，余以为信然，……今之所存，有此四卷，是其本经，所出郡县乃后汉时制，疑仲景元华等所记。”虽未署撰写者姓名和年代，但书中所记载药物郡县产地名称最晚的设置是“永昌”郡（见木香、犀角、波子等条），《后汉书，明帝纪》：“永平十二月春下月，益州激外夷哀牢王相率内属，于是置永昌郡，罢益州西部都尉。”因此，不少学者据以认为《神衣本草经》成书当不早于东汉。同时，必须指出，《神家本草经》的药物产地更多记有先秦古地名、秦汉地名等，也反映了该书的形成是一个不断完善和继承发展的过程。说明《神农本草经》的成书恐非一时一人之手，在秦汉之际或先秦已有该书原始资料是正确的，但若认为该书已成于此期，则尚乏较充分的根据，《汉书·艺文志》未载该书，但东汉时期神仙方术、服石炼丹盛行时期的印记多处可见。
《神衣本草经》分为”序录”（1卷）和正文（3卷）两大部分，“序录”是关于药物学的总论，论述了上、中、下品分类、药物的君臣佐使；七情合和、性味产地、真伪鉴别、各种剂型、临床用药宜忌、用药剂量、服药时间、诸药制使等，正文部分以三品逐一对360种药物的名称、性味、主治病证、产地（山、谷、川、泽等）、别名，进行分类记述。
《神衣本草经》经过长期的辗转传抄，有《神农本草》、《神农本经》、《神农药经》、《神农经》、《本草经》、《本草》、《本经》、《正经》、等不同名称。
三、《治百病方》
1972年11月，在甘肃武威旱滩坡发掘了一座墓葬，经研究鉴定，墓主人可能是一位年长的医生，随葬品除医药简牍外，还有鸠首仗、五铢钱等，其时代当是东汉早期，共有92枚手写医药简牍，初名《武威汉代医商》，但因简中有“治百病方”的字样，遂改名为《治百病方》。
《治百病方》内容相当广泛，包括内、外、妇，儿、五官各科的疾病。记述了咳嗽、哮喘、伤寒、诸癃、血瘀、目疾、齿痛、耳聋、伏梁病、溃疡、出血、痹证、久泄、不孕症；大麻疯等病证的病因、病理、证侯。所载药物近百种，其中植物药63种、动物类药12种、矿物药16种，酒类等液体药物9种。这些药物有69种见于《神农本草经》，有11种见于《名医别录》，还有20种未见于其它本草书记载。书中还记述了药物的炮制，以及汤、丸、膏、散、醴、滴、栓等不同的剂型，共有医方36首、有的方名标明是”公孙君方”、“建威耿将军方”、“东海白水侯所奏男子有七疾七伤方”等，概为传方人姓名及官职。在服药时间上，有先饭、宿食旦饮、暮吞、吞等区别。内服药有酒饮、米汁饮、酢浆饮、鼓汁饮、含咽汁、醇酒和饮等。外用药有敷目、塞耳、指摩、涂、灌鼻、塞鼻等。在针灸治疗上，还记载了灸的的穴位，留针的方法，针灸宜忌与病人年龄关系。有的简牍还记有药价等。此外，有些方药，医疗技术反映了匈奴等少数民族医药的一些经验。
《治百病方》已体现了辨证论治的思想，尤其是同病异治的情况较多，组方配药比较严谨，治疗上药物与针灸并重。本书不是一般的医药文献整理之作，而是医家实践经验和吸取当时医药经验的总结。全书体例多为一病一方，每条条文列方名、病名或证候、药方名称、药量、制药、服法、禁忌等。涉及医理论述则较少，比较朴实简明。虽然《治百病方》篇幅不大，文字不多，但对研究汉代医学有着重要的意义。
四、《伤寒杂病论》
东汉未年张仲景撰，汉末建安间，疫疠流行猖厥，死亡甚重，张仲景在论述自己编撰该书的背景、动机和依据时指出：“余宗族素多，向徐二百，建安纪年以来，犹未十稔，其死亡者，三分有二，伤寒十居其七，感往昔之沦丧，伤横夭之莫救，乃勤求古训，博采众方，撰用素问、九卷、八十一难、阴阳大论、胎胪药录，并平脉辨证，为《伤寒杂病论》，合十六卷”。此书撰成未久，即遭战乱而散佚，后经太医令玉叔和重新整理编次，得以流传。林亿等《伤寒论·序》说：“自仲景于今八百余年，惟王叔和能学之。”晋·皇甫谧认为：“近代太医令王叔和撰次仲景选论甚精，指事施用”：宋·李昉《太平御览》引高湛的观点：“王叔和编次张仲景方论，编为三十六卷，大行于世”：明清医学家也多给予肯定和赞成。因此，学者多认为《伤寒杂病论》——分为《伤寒论》与《金匮要略》二书者，乃王叔和整理之功。此后，该书的书名、卷数及分合屡有变更，至北宋初，始见书分为二。“开宝中，节度使高继冲曾编录进上，其文理舛错，未尝考证。”此指《伤寒论》，又，“翰林学士王洙在馆阁日，于蠹简中得仲景《金匮玉函要略方》三卷。上则辨伤寒；中则论杂病，下则载其方，并疗妇人”（孙奇等，《金匮要略方·序》），此为《金匮要略》的祖本。英宗治平二年（1065），校正医书局孙奇、林亿等重加订定，即成为宋以后所广泛流传的《伤寒论》和《金匮要略》二书，前者专论伤寒，后者专论杂病。至于《伤寒杂病论》与一分为二的宋以前原貌，已不可确知。
《伤寒论》全书10卷，22篇。六经病脉证并治是该书的主要组成部分，是专门讨论急性外感热病——伤寒病的专著。张仲景吸取了《素问·热论》中的六经分证法，以六经为纲。将病者的病状、脉候，根据其虚实表里寒热来划分为六个不同的病类，三阴三阳内连脏俯，外属经络，由于邪气强弱以及病人体质的不同，又有不传、直中、循经传、越经传以及合病、并病等不同情况，确立了伤寒病辨证的纲领。在治疗方面，依据其四诊八纲所得的资料以及病因病理认识，确定治疗大法，将汗下吐和温清补消八法灵活地运用于治疗过程之中，或单用，或同用，立法谨严，然后选方用药，用药80余种，其方剂多选药精当，配伍有度，主治明确，疗效显著，被后世人尊为“经方”。由于《伤寒论》的巨大成就，后世研究者很多。其注本约有成无已系（《注解伤寒论》）、方、喻系（方有执《伤寒论条辨》、喻嘉言《尚论篇》）、钱塘二张系（张志聪《伤寒论集注》、张锡驹《伤寒论直解》）三大注本体系。历代包括日本等注释、发挥、方论、歌括、杂著等670余家，足见其影响之大。
《金匮要略方论》，简称《金匮要略》，系讨论内伤杂病的专著。全书3卷，25篇，系统论述了急性热病之外的各科、各类疾病之病证的理、法、方、药等。第一篇为脏腑经络先后病脉证，是全书立论基础，主要是以脏腑经络学说为基础，阐明各类证侯的发生变化及其与脏腑经络的关系。第二至第二十二篇分别论述百合狐惑阴阳毒病、疟病、中风历节病、以及妊娠病、产后病、妇人杂病等20余种、类病证。所述病证以内科杂病为主，兼及外科妇科病证各有专篇。在病因方面，《金匮要略》明确地划分为三类，认为：“千般难，不越三条：一者，经络受邪入脏腑为内所因也；二者，四肢九窍，血脉相传，壅塞不通，为外皮肤所中也；三者，房室、金刃、虫兽所伤。以此详之，病由都尽。”对后世病因学说有直接启示。
《金匮要略》现存最早版本为元刻，注本颇多。以元代赵以德的《金匮方论衍义》较早，而以清·尤怡的《金匮要略心典》最为著名，据统计历代注释、发挥、方论及歌括也有百余家之多。
《伤寒论》、《金匮要略》不但在国内历代注家、研究著作有数百家之多，为历代研究、治疗急性热病的医学家所遵循，成为他们发展、发挥医学理论和医疗技术的基础、依据和教育后学的课本。在国外也有着广泛而深入的影响，例如日本，不但收藏和刻刊许多《伤寒论》之珍本，并由日本再传中国而发挥了巨大的影响，而且日本学者研究、注释《伤寒论》的著作，仅就先后传到中国而现存者也有60多家。再如《金匮要略》较好版本也有收藏于日本者，日刻本也不少，日本医学家之研究《金匮要略》而有专著流传至中国者，有10余种之多。关于将《伤寒论》《金匮要略》并作重编、方论者，日本名家之专著并流传中国者有近20种，由此可见张仲景《伤寒论》与《金匮要略》在日本的影响之广泛和深远。在日本现代医学昌盛的今天，日本学者仍给予张仲景《伤寒杂病论》的研究以特殊的重视，许多医学家在临床医疗中，仍然十分重视该书原有方之应用，并取得很好效果，运用该书中成方制造的成药，也为日本医界所信赖。