一、军医的设立
《太平御览》载晋朝刘德“官至太医校尉”，《资治通鉴·晋纪》中记有武帝时程据为太医司马，又《晋书·刘曜传》所载刘曜被擒，石勒“使金疮医李永疗之”之事。可见公元五至六世纪时，朝廷已有专职治疗战伤的医生——金疮医。
北魏延昌元年（512年），“肆州地震陷裂，死伤甚多”，世宗下诏说：“亡者不可复追，主病之徒，宜加疗救，可遣太医、折伤医，并给所须之药就治”（《魏书·过宗纪》）。以上太医校尉、太医司马、金疮医和折伤医,可能都是当时的军医。
两晋南北朝时，帝王及将帅出征，也多派遣太医，或有侍医跟随。
二、士卒的体检
历史上明文记载由医生对征募入伍士兵进行体检，首推齐东昏候萧宝卷在位之时以（499－501年）。《南史·齐本纪下》叙述其役政的腐败情形：“自永元（499年）以后,魏每来伐，继以内难，杨、南徐二州人丁，三人取两，以此为率，远郡悉令上米，准行一人五十斛，输米既毕，就役如故。又先是诸郡役人，多依人士为附隶，谓之属名。又东境役苦，百姓多注籍诈病遣外。医巫所在检占诸属名，并取病身。凡属名多不合役，止避小小假，并是役荫之家。凡注病者，或已积年皆摄充将役，又追责病者租布，随其年岁多少，衔命之人，皆给货赂，随意纵舍。”从上可知，当时检查人丁是否可服乓役，不仅是医生，且有巫师在内。一方面，豪绅地主包庇应征募者逃役；一方面，巫医又借工作之便，勒索百姓钱财，放走合格的兵丁，而将有病、孱弱、贫穷的丁口充数。
三、有关军队多发病及流行病的记载
疾病对于人类生命的威胁，往往超过战争的杀伤力。战争中远行征伐，风餐露宿，容易发生各种疾病，是古代军事家早已重视的事情。三国时赤壁之战，战争还未开始，孙权主将周瑜就已断言：曹操“驱中国（指中原地区）士众远涉江湖之间，不习水土，必生疾病”。果然，曹军到江汉水网地区后，尚未接战，“军众已有疾病”（《三国志、周瑜传》）。
《魏书，武帝纪》中也记载：“公（曹操）至赤壁，与（刘）备战不利。于是大疫，吏士多死者，用引军还”。这里更把“大疫”作为曹军败还的第一位原因，赤壁大战之后半年，曹操在第一项军令中说：“自顷以来，军数征行，或遇疫气，吏士死亡不归，家室怨旷，百姓流离”（同上）。
在这一时期内，历史上所载战时多发病及流行病，大致有以下几类：
（一）疫及大疫
北魏道武帝于皇始元年（396年）亲率“六军四十余万”，南下讨慕容宝，节节胜利，但至“皇始二年（397年）八月，丙寅朔，帝自鲁口进军常山之九门，时大疫，人马牛多死。帝问疾于诸军。对曰：在者才十四五。”（《魏书·太祖纪》）。泰常八年（423年），刘义符遣道济等救青州，“刁雍求将义兵五千要峻破之。（叔孙）建不听”说：“兵人不宜水土，疫病过半，若相持不休，兵自死尽，何须复战？今不损大军，安全而返，计之上也”（《魏书刁雍传》）。
（二）疟疾、瘴气
梁武帝时（502～549年），殷钧任明威将军，临川内史，“郡旧多山疟，更暑必动，……，郡境无复疟疾”（《梁书·殷钩传》）。
和平元年（460年）八月，魏文成帝拓拔睿行幸河西，“西征诸军至西平，什寅走保南山”“九月，诸军济河追之，遇瘴气，多有疫疾，乃行军还”（《魏书·高宗纪》）。
（三）虏疮（天花）
葛洪《肘后方》所载之“虏疮”，说明天花在我国之流行乃由部队传播。
四、创伤的诊断和治疗
魏晋南北朝时期，实践医学的发展，使金创折疡的临证经验得到积累和发展。
《肘后方》介绍了危重创伤的早期处理，描写了颅脑损伤和外伤可导致大出血致死的部位。《外台秘要》卷20“金疮禁忌序”中引葛洪“凡金疮出血，其人若渴，当忍之。常用乾食并肥脂之物以止渴，慎勿咸食，若多饮粥荤，则血溢出杀人，不可救也。又忌嗔怒大言笑，思想阴阳，行动作劳。勿多食酸咸，饮食酒、热羹臛辈，皆使疮肿痛发，甚者即死。现代对创伤休克及出血性休克的处理，仍然采取这些措施。葛洪认为：“凡金疮，伤天囟、眉角、脑户、臂里跳脉（肱动脉）、髀内阴股（股动脉）、两乳上下、心、鸠尾，小肠及五藏之腑输（位于胸背，去脊柱三横指）皆是死处，不可疗也”颅脑损伤、肱或股大动脉出血不止，或内脏破裂，肋骨骨折所致的气血胸等证候，对现代医学来说也是严重的战伤。
刘宋时龚庆宣整理的《刘涓子鬼遗方》是中国在痈疽金疮方面论述较详的第一本方书。刘涓子曾随宋武帝刘裕北征，在军中以善治金疮痈疽闻名。全书共载方140余首，其中治金痈疽方有34首。他还提出：如被有射网的毒箭所伤，可用兰子散解毒。如箭在肉中不出，可用半夏和白蔹下筛，以酒服。并说：“浅者十日出，深者二十日，终不住肉中”。