一、《脉经》
《脉经》全书共十卷，九十七篇，为西晋·王叔和编撰。这是我国医学史上现存第一部有关脉学的专书，是公元三世纪以前我国有关脉学知识的一次总结。《脉经》开宗明义指出“脉理精微，其体难辩”，“在心易了，指下唯明”，《脉经》正是针对这些难点来进行编撰总结的。
《脉经》虽然是一部综合前代脉学成就的著作，但由于它篇幅简练、集中，便于学习，在我国医学发展史上，有着十分重要的位置，在国内外影响极大。如唐代太医署就把它做为必修课程，日本古代医学教育仿唐制，当然也不例外。该书著成后，就陆续传到我国西藏地区，对藏医学的相关学科起着重大的影响。通过这里，中国脉学又传入印度，并辗转传入阿拉伯国家，对西欧脉学的发展也有所影响。如：古波斯（伊朗）由拉·阿·阿尔哈姆丹（1247～1318）编写的一部波斯文的医学百科全书《伊儿汗的中国科学宝藏》（十三世纪～十四世纪初）一书中，就有王叔和的名字，其中脉学方面的内容也与《脉经》相似。中世纪阿拉伯医圣阿维森纳（980～1037）的《医典》中有关脉学的内容，也多大同小异，可见《脉经》在国内外医学发展史上影响之深远。
《旧唐书》载《脉经》二卷，但到宋初本书已濒于湮没。至宋林亿等校正医书时，发现此书，予以删繁补缺。今存版本较早的有天历三年广勤书堂刻本。其后历明清诸代，直至现代，各种刻本、排印本等等，计有数十种之多。其中如清守山阁丛书本较有影响，新中国成立后，有商著印书馆铅印本，人民卫生出版社、上海卫生出版社，上海科技出版社等影印本。
二、《针灸甲乙经》
全名有时也称《黄帝甲乙经》（《隋书·经籍志》）、《黄帝三部针灸经》（《新唐书，艺文志》等），现一般通称《针灸甲乙经》。各书所载卷数不一，今本多取其自序所述的十二卷。
今本《针灸甲乙经》全书十二卷，一百二十八篇，其内容系撷取《素问》、《铖经》（即《灵枢》和《明堂孔穴灸治要》这三部书的有关部分的精华，予以整理重编。
卷一至卷六，依次叙述人体的生理功能，包括五脏六腑、营卫气血、精神魂魄、精气津液及肢体五官与脏腑功能的关系等；其次是人体经脉、经筋等经络系统的循环路线、骨度肠度及肠胃所受；再次是人体俞穴，依身体部位分部叙述其位置，主治，书中计叙述俞穴348个（其中单穴49个；双穴299个）而不是如其所说的365穴，这些穴位是按头、面、项、胸、腹、臂、股等部位排列的；很便于寻检。每一穴均有针刺的深度、灸灼的壮数，再次叙述诊法、重点介绍脉诊的内容。尤其是三部九候；其后介绍针道，针灸禁忌，包括禁穴；最后介绍了病理及生理方面的一些问题，并以阴阳五行学说为纲进行阐释。
临床部分也是六卷，依次介绍内科（包括伤寒热病、中风、杂病）、五官科、妇科、儿科等病症的针灸治疗，其中内科共43篇，有外感六淫、内伤七情、五脏病、六腑病、经脉病及五官病等，外科有三篇，主要论述痈疽，至于妇科及儿科，各有一篇各论述20种及10种该科病症。
《针灸甲乙经》的著成，对于我国针灸学的发展起到极大的促进作用，宋、公元6～8世纪，中、朝、日之教学均规定为教授学生的必修课；宋、金、元、明、清重要针灸学著作基本上都是在本书的基础上的发挥。国外早已有本书英译本，对国外针灸学的发展也有重要的影响。
三、《肘后备急方》
本书原名《肘后救卒》，计三卷，东晋葛洪所著。今本《肘后备急方》共八卷，其内容主要是一些常见的病证的简便疗法，包括内服方剂、外用、推拿按摩、灸法、正骨等一些十分实用的内容。这部书虽号“肘后”，但却包含相当多宝贵的医学史料实用的方剂方法，有不少医学史上的重要发明发现，对今天的医疗实践具有重要的启示作用。
他所描绘的“虏疮”即天花，是外界传入，并非我国固有，具有重要的医学史价值。
书中还提到射工、沙虱、马鼻疽等多种传染病，论者认为所谓射工是对一种血吸虫病的得病描述。而沙虱所描述的是恙虫病，山有人认为这是血吸虫病的得病过程。更可宝贵的是书中还指出这种沙虱钻入皮肉后。如果以针挑取虫子，正如疥虫，著爪上映光方见行动也。这可证明当时已经认识疥虫，它用疥虫的大小，检得方法来比喻沙虱，十分恰当。总之，《肘后备急方》一书，对古代几种传染病作了细致的描述在世界传染病学史上占有重要的地位。
《肘后备急方》中专有一节讨论“猘犬所咬毒”的处理。书中首先认识到猘犬（亦即狂犬）咬人的严重性，指出其潜伏朗和病程经过。提出治疗狂犬病的方法计约二十种，其中有“仍杀咬犬，取脑傅之，便不复发”之法。这方法的宝贵之处在于它是以该狂犬的脑组织来敷贴伤口以预防狂犬病之发作，是一种免疫治疗的思想萌芽。狂犬病毒原是亲神经组织的病毒，在狂犬的脑组织中大量繁殖。用这种组织来治疗狂犬病，如果说是在“以毒攻毒”的思想的影响下提出的，它也符合现代免疫治疗的基本原理。
《肘后备急方》虽然都是一些简便易得的治疗方法，而这一部著作及其所宣扬的治疗思想，似乎与一向认为正统的“辩证论治”的思想不相协调，因而使一些后代“正统”医家认为不足轻重，甚至不值一提，不能登大雅之堂。然而，正是这些简便易得的治疗方法、方剂中涵有宝贵精华，应予以重视。如以青蒿治疗疟疾“以水二升渍，绞取汁，尽服之”，这也是长期经验积累所得的珍贵结论。现代研究证明，青蒿中含有抗疟作用十分明显的青蒿素，是一种不耐热的化学成分，因而虽然中药一般都用煎剂，葛洪强调要生服其汁。青蒿素的分离研究导致了现代抗疟史上的一大重要发现，（青蒿抗疟的研究，载《中国中医研究院三十年论文选》，中医古籍出版社，1985）。又如书中有关脚弱病的记述，可以认为是最早的脚气病的历史，尤其是心脏型脚气病的描述以及含有足够的维生素乙来治疗脚气病等。
四、《名医别录》
原书早佚，但其有关内容仍可从后世的《大观本草》、《政和本草》中窥知。陶弘景《本草经集注》的内容，365种系陶弘景录自《名医别录》。
《名医别录》原书的收药数目，应该在730种以上，因为这一数目是陶弘景在编录成二部独立的著作时筛选出来的，当时可能摒弃了一部分主观上认为不用的药物。从药物的分类方法来看，仍然是《本草经》那种三品分类法，即按药物的治疗作用粗分上、中、下三品，同时在每一品之下，又粗略地将植物、矿物、动物等类药大致做了归类。
对每一种药，本书都载有其正名、性味、主治、别名（或一名）、用法、用量、药物形态、产地采集炮制法及七情畏恶等项目。这基本上与《本草经》是相同的。在《名医别录》中，个别药味之后己附有方剂，如说”露蜂房，合乱发、蛇皮三味合烧灰，酒服方寸匕，日二，治诸恶疽、附骨痈，根在脏腑，历节肿出，丁肿恶脉诸毒皆差，”这是本草著作中最早附有方剂的体例，为后世本草附方开创一个良好的实用开端。此外，《名医别录》中记载的药物主治功效，有一些已经超过《本草经》，如桂可发汗，百部根可止咳等等，都是《本经》所无，故此书对于研究汉魏六朝的本草学有较重要的实用价值。
五、《本草经集注》
梁陶弘景撰，是根据《神农本草经》、《名医别录》的内容各365种，共730种编撰而成，也是本时期本草发展史上的一项重大成就。《本草经集注》存有两种残卷，一是出土于敦煌石窟的残卷，一是出土于吐鲁番的残卷。
敦煌本残卷只存一卷，也即“序录”部分，原卷长十七米，正背两面均书写。1908年日本人桔瑞超及吉川小一郎受龙谷光瑞之命，在中亚细亚进行探险时，由敦煌携往日本。此卷正面及背面小部分为其他文献内容，背面有720行属《本草经集注》的序录，但缺卷首。据文字内容最末两行写有“开元六年九月十一日尉迟卢麟于都写本草一卷。辰时写了记”的记录，罗振玉氏认为此段文字与原文书法不同而认为应是六朝时的作品。此残卷1955年群联出版社有影印本。
吐鲁番出土的残卷为一28.5×27厘米的残片，卷上只有燕屎、天鼠屎的全文，及豚卵后半部的注文，还有鼹（鼠泉）的前部正文，应是《本草经集注》中兽类药的部份内容。
此两件一在日本龙谷大学（一说在英国伦敦博物馆），一在德国普鲁士学院。
六、《刘涓子鬼遗方》
《刘涓子鬼遗方》据说是晋末的刘涓子在丹阳郊外巧遇“黄父鬼”时所遗留的一部外科方面的专著，又称《神仙遗论》。据《隋书·经籍志》所载为十卷，今本则只存五卷，后刘涓子后人传与北齐龚庆宣而传世，原书又你《痈疽方》，经龚庆宣整理后，成今本《刘涓子鬼遗方》。
有关外科痈疽方面的认识，魏晋以后，服石之风渐盛，痈疽的发病率大增。客观上要求提高对痈疽病的认识和改进治疗，《鬼遗方》正是在这个时期出现的，基本上是一部痈疽证的专著。此外，还涉及金疮、瘀血、外伤治疗，包括止痛止血，取出箭镞等等，全书计载方140余首，其中治疗金疮外伤跌仆的方子共计34首；对痈疽的辨证论冶，尤其详尽，可称为现存我国最早的一部外症痈疽及金疮方面的专著。
书中对痈与疽首先从病机和症象方面作了明确的鉴别，对痈疽等证的辨脓，已经十分精细。除辨别成脓与否以外，还特别指出发病部位与愈后的关系，说明严重痈疽症引发全身性感染的预后严重。
《鬼遗方》在治疗痈疽外证、石发中毒，都有较详细的论述，它是根据痈疽的不同情况而给予辨证治疗提出了许多解毒的治疗方法。如对钟乳石中毒，书中用“雄鸡肘上血一合，将铁粉汤一茶碗调服之”。又如丹砂发，书中用“黑铅、黄芪、防风、伏龙肝各半两，水一升，煎半茶碗去滓服之”。
《刘涓子鬼遗方》代表着我国南北朝时期外科的发展水平。
本书现存最早版本为北京图书馆所藏之宋代刻本，新疆吐鲁番曾出土本书残卷二页。清代也有若干刻本，人民卫主出版社1956年出版仿宋刻影印本。
七、《小品方》
《小品方》又称《经方小品》，是本时期一部重要著作。作者陈延之，生平失考。据学者考证约著成于公元五世纪下半叶之南朝宋齐间。
《小品方》，其具体内容在宋代已佚，1985年从日本尊经阁文库《图书分类目录》医学部中发现此书残卷，其内容包括序、总目及卷一，使《小品方》恢复其全貌的可能性大大加强了。根据总目得知，全书共十二卷，除卷首有序文、全书参考书目，全书日录外，其内容为：第一卷包括用药合药法、调三焦诸方27首及治胸痹等八种病证诸方，从第二卷至第五卷为治疗各种杂病方，第六卷为治伤寒温热病方，第七、八卷分别为女子众病及少小百病方，第九卷治服石诸证方，第十卷为外科疮疡折伤等方，第十一卷为本草，第十二卷则为灸法要穴。
《小品方》内容丰富，可谓唐以前的一部包罗广泛的小百科全书，在当时具有相当影响，被视为与《伤寒沦》具有同样重要意义的经典作品。同时又是一部门径书，所谓“童幼始学治病者，亦应先习此《小品》，以为入门”。正由于此，在本书散佚之前，影响极大，唐太医署规定《小品方》为学生心修课程。后来仿效唐制的日本的《大宝律令》及《延熹式》十分重视把本书作为教科书，要求学习时间长达300天，《千金方》、《外台秘要》以及《医心方》所引该书不少佚文中有不少独创性的治疗方法。如《外台》引书卷十所载的既简易而又是科学的测定井塚内有否毒气的方法，是防止中毒的有效措施。又如《医心方》所引的“疗自缢方”，其方法极为详尽，较张仲景《今匮要略》中所述者，已有所发展。
《小品方》自宋末后，就已亡佚，其佚文散见于后世增补之《肘后备急方》、《千金要方》、《外台秘要》及《诸病源侯论》，此外，日本的《医心方》及朝鲜的《东医宝鉴》也录有一些佚文。近代在日本发现本书的残卷。现有辑佚本，于1983年由天津科技出版社出版。