明代(1368年～1644年)是中国历史上政治比较稳定，封建经济高度发展的王朝，明代中后期出现了资本主义萌芽，商品经济推动着对外交流、科学技术和文化发展，医学水平有了明显提高。
君主专制的加强：朱元璋建立全国统一政权后，鉴于元朝灭亡的教训，竭力加强中央专制集权制。重视争取团结忠实于封建统治阶级的知识分子，为了造就它所需要的人才，1370年，采用刘基建议，设科举，以八股文取士，考试内容宗《四书》、（五经），主朱熹说，形式上八股文，代圣贤立言，把知识分子思想束缚在程朱理学范围内。八股取士的学风，对医学研究中的尊经崇古，故弄玄虚，不思革新等不良倾向，起了推波助澜的作用。从而把一批知识分子推入医学领域，这对于提高医务人员的文化素质和研究水平客观上是有利的。
商品经济发展和资本主义萌芽：朱元璋即位后，采取鼓励垦荒，修治陂塘湖堰，实行军屯，限制蓄养奴婢等措施，推动了农业发展。采取扶植工商业，解放工奴，简约商税等措施，为工商业发展创造了有利条件。对外交流和贸易逐步扩大。
明代中后期，资本主义萌芽日渐生长，雇佣劳动普遍出现，工场手工业的发展，逐渐形成一些行业中心。苏州是丝织业中心，松江是棉织业中心，景德镇是瓷器中心，芜湖是浆染业中心，铅山是造纸业中仑等，徽州的炼铁业，湖州的蚕桑业，佛山的冶炼业也很出名，商品经济发展，促进了人口流动和集中。苏州盛泽镇，明初只有五、六十户，随督织绸业发展，明末已拥有五万人口。
商品经济发展推动了交通发展，推动了信息传播和交流，为医学发展创造了有利条件。人口集中和流动推动着保健需求的发展，也为某些疾病的传播创造着条件，梅毒的传入便是一例。交通发展拓宽了医生的活动范围，他们或随商旅外出，或受达官富商的重金礼聘，或为学习出外访师拜友，促进了学术信息交流，增加了互相接触和了解对方学术观点的机会。
思想文化和科学校术发展：明初，程朱理学占有统治地位。宋濂、方孝孺、薛等儒学大师都尊崇程朱。朱元璋把朱熹的《四书集注》定为科举考试标准，朱棣主持编纂了宣扬程朱理学的《性理大全》等书。官方的倡导、左右着学风。这种不利于学术争鸣的气氛，也引起学术界的不满。陈献章(1428～1500)出，开始向陆九渊的“心学”倾斜。王守仁(1472～1528)对程朱理学的批判，使陆王之学逐渐居于上风。
明代科学技术在经济发展的推动下，有了显著提高。各类科学是相互渗透的，明代科学技术的发展，从理论观点、方法、技术以至资料，都对医学有重大影响。元代王帧创木活字成功，明弘治间(1488～1505)铜活字已正式流行于江苏一带，万历间(1573～1620)又出现了套板印刷。明代出版业的繁荣，为医学著作出版和医学知识普及创造了方便条件。药物进入商品运转，对它的性能、产地、炮制、功效、真伪鉴别等方面的研究更为需要。农业技术为药物驯化栽培提供了条件，交通贸易促进了海外药物的传入及新药物的发现，推动了本草学的发展。药物学的发展又充实了农业知识，《农政全书》收录了朱棣《救荒本草》的全部内容，科学技术每一进步，都迅速渗入医学领域，据《外科正宗》记载，以前用马衔铁打造铍针，软而不锋，冶铁术的进步，改用钢铁打造，质量大为提高，改善了手术效果。
明代医学发展的特点：官方尊崇儒学，倡导孝悌，医学被视为履行孝悌的重要手段。“不为良相，便为良医”，在这样的环境中，科举失意的知识分子，涌入医学领域乃必然之势。大批知识分子由儒入医，改善了医生的文化素质和知识结构，改变了宋时攻外科者“多是庸俗不通文理之人”的状况，使医生的社会地位相应提高。
明代交通发展，信息传递日益进步。医学家向大城市集中，且得以负笈四方以拜名师，深入民间作实际考察。再加上相对稳定的政治环境，为医学经验积累和传播，医学理论深化，创造了有利条件。明代医家中世代业医甚多，他们或父子相继，或翁婿相传，极利于医学专门化，《霉疮秘录》的作者陈司成便是八世业医之家。一部著作常是父作于继，连绵续世，始克完成。这样形成的著作大都有专门性、独特性和权威性的特征，切于实用，得到公认。杨济时的《针灸大成》、万全的《幼科发挥》、薛已的诸种医书，都属于这类作品。
社会健康需求和临床实践永远不会停留在一点上，医学理论和实践的创新也永远不会停止。创新是明代医学发展的主流，吴有性的《温疫论》和李时珍的《本草纲目》是其中两颗璀璨的明珠。
吴有性发展了戾气说，已接触到每种传染病有其特殊致病因子这一实质问题。
对天花的认识和人痘接种术的发展，是明代医学的突出创新，人痘接种术起于何时，尚无定论。它在明代得到普通应用，是公认的；人痘接种术是震动世界医学史的大事，它启迪琴纳而发明牛痘接种术，开辟了免疫学的新纪元。
明代医学发展特点，展示出医学的综合性应用科学的性质，它的特色是依靠长期经验积累和专门化的过程显示出来的。它受着传统文化和思维方式的强烈影响，但通过对经典中医学理论思维结构的深化，通过对临床经验新的概括，不断创新，明代医学形成了具有独特理论体系的医学。