妇科疾病的病理机转，可以概括三个大方面：脏腑功能失常影响冲任为病；气血失调影响冲任为病；直接损伤胞宫影响冲任为病。
妇科病机与内科、外科等其他各科病机的不同点，就在于妇科病机必须是损伤冲任（督带）的。在生理上胞宫是通过冲任（督带）和整个经脉联系在一起的，在病理上脏腑功能失常、气血失调等只有损伤了冲任（督带）的功能时，才能导致胞宫发生经、带、胎、产、杂诸病。历代医家多是以此立论的。《诸病源候论》论妇人病，凡月水不调候五论、带下候九论、漏下候七论、崩中候五论，全部以损伤冲任立论；《校注妇人良方》称：“妇人病有三十六种，皆由冲任劳损而致，盖冲任之脉为十二经之会海。”《医学源流论》说：“凡治妇人，必先明冲任之脉……冲任脉皆起于胞中，上循背里，为经脉之海，此皆血之所从生，而胎之所由系，明于冲任之故，则本源洞悉，而候所生之病，则千条万绪，以可知其所从起。”李时珍更明确地说：“医不知此，罔控病机。”说明必须突出“冲任损伤”在妇科病机中的核心地位。本节仅就主要病理机制予以叙述。
一、脏腑功能失常影响冲任为病
1．肾，肾藏精，主生殖，胞络系于肾。若肾气不足，则冲任不固，系胞无力，可致子宫脱垂；冲任不固，胎失所系，可致胎动不安；冲任不固，封藏失职，可致崩漏；冲任不固，血海失司，蓄溢失常，可致月经先后无定期；冲任不固，不能摄精成孕，可致不孕等病。若肾阴亏损，则精亏血少，冲任血虚，血海不按时满，可致月经后期、月经过少、闭经；冲任血虚，胞脉失养，可致经断前后诸证；冲任血虚，不能凝精成孕，可致不孕。若肾阴亏损，阴虚内热，热伏冲任，迫血妄行，则致月经先期、崩漏等。若肾阳不足，冲任失于温煦，胞脉虚寒，可致妊娠腹痛、胎动不安、不孕等；经期血气下注冲任，命火愈衰，可致经行泄泻；气化失常，湿浊下注冲任，带脉失约，可致带下病；孕期冲任养胎，胎阻气机，湿浊泛溢肌肤，可致妊娠肿胀等病。
2．肝肝藏血，主琉泄，性喜条达。若情志不畅，肝气郁结，则血为气滞，冲任失畅，血海蓄溢失常，可引起月经先后无定期；冲任失畅，胞脉阻滞，可引起痛经、闭经等。若肝郁化火，热伤冲任，迫血妄行，可引起带下病、阴痒等。若肝气犯胃，孕期冲脉气盛，挟胃气上逆，可引起妊娠呕吐。若肝血不足，孕后血聚冲任养胎，肝血愈虚，肝阳偏亢，可引起妊娠眩晕，甚则肝风内动，发为妊娠痫证。
3．脾脾主运化，司中气，与胃同为气血生化之源。若脾气不足，则冲任不固，血失统摄，可致月经先期、月经过多、崩漏等；冲任不固，胎失所载，可致胎动不安、胎漏、堕胎、小产等；冲任不固，系胞无力，可致子宫脱垂。若脾虚血少，化源不足，冲任血虚，血海不按时满，可致月经后期、月经过少、闭经等；冲任血虚，胎失所养，可致胎动不安、堕胎、小产等。若脾阳不振，湿浊内停，下注冲任，带脉失约，任脉不固，可致带下病；湿浊内停，孕期冲脉气盛，挟痰饮上逆，可致妊娠呕吐。
4．心心藏神，主血脉。若忧思积念，阴血暗耗，心气不得下达，冲任血少，血海不能按时满盈，可致月经过少、闭经；营阴不足，神失所养，可致脏躁、经断前后诸证。
5．肺肺主气，主肃降，朝百脉而通调水道。若阴虚肺燥，经期阴血下注冲任，肺阴愈虚，虚火上炎，损伤肺络，以致经行吐衄；孕期肃降失职，则致妊娠咳嗽。若肺气失宜。
水道不利，可发生妊娠肿胀、妊娠小便不通、产后小便不通。
二、气血失调影响冲任为病
气血失调，是妇产科疾病中一种常见的发病机理。由于经、孕、产、乳都是以血为用，而且皆易耗血，所以机体常处于血分不足、气偏有余的状态。《灵枢，五音五味》说：“妇人之生，有余于气，不足于血，以其数脱血也。”由于气血之间是相互依存、相互滋生的，伤于血，必影响到气，伤于气，也会影响到血，所以临证时应该分析是以血为主，或以气为主的不同病机。一般说来，情志变化主要引起气分病变，如《素问·举痛论》说：“百病皆生于气也，怒则气上，喜则气缓，悲则气消，恐则气下……惊则气乱，劳则气耗，思则气结，”而寒、热、湿邪则主要引起血分病变，如《素问·调经论》说：“寒湿之中人也，皮肤不收，肌肉坚紧，荣血泣（涩），”《素问·阴阳应象大论》说：“热盛则肿。”说明了寒、热、湿邪主要伤于营血。明确这一病机要点可以为审因论治提供线索；兹将气血失调具体病机分述如下。
1．情志变化常引起气分病变气逆，冲气随之而上，孕期可出现妊娠呕吐；经期气逆血上，可出现经行衄血。气虚下陷，则冲任不固，血失统摄，可致经行先期、月经过多、崩漏、产后恶露不绝；冲任不固，不能载胎，则胎动不安；冲任不固，系胞无力，则子宫脱垂。气结、气滞则血滞，冲任失畅，血行迟滞，可致经行后期、痛经、经闭，甚则血结成块，而致症瘕。
2．寒热湿邪常引起血分病变寒与血结，血为寒凝，冲任失畅，可致月经后期、月经过少、痛经、闭经、症瘕、产后腹痛等。热与血搏，损伤冲任，迫血妄行，可致月经先期、月经过多、崩漏、经断复来、堕胎、小产、产后发热、恶露不绝等。湿伤于血，遇热则化为湿热，损伤任带二脉，可致带下病、阴痒等；逢寒则化为寒湿，客于冲任，血行失畅，可致痛经、闭经等。
三、直接损伤胞宫影响冲任为病
经期产时，忽视卫生，感染邪毒，搏结胞宫，损伤冲任，可致月经不调、崩漏、带下病、产后发热等。久居湿地，或冒雨涉水，寒湿之邪侵袭胞宫，客于冲任，血为寒湿凝滞，可致痛经、闭经、症瘕等。外伤（含官腔手术创伤）或房事不节，可直接伤及胞宫，冲任失调，导致月经不调、崩漏、胎动不安、堕胎、小产等。
综上所述，三种病机不是孤立的，而是相互联系、相互影响的。如脏腑功能失常，可导致气血失调；气血失调，也能使脏腑功能失常；同样直接损伤胞宫，可能导致脏腑功能失常、气血失调。总之，不论何种致病因素损伤了机体，不论病变起于哪个脏腑，是在气还是在血，其病机反应总是整体的，都是损伤了冲任（督带）生理功能才发生妇产科疾病的。懂得这些，才能从错综复杂的变化中，找出经、带、胎、产、杂等诸病病机的关键所在，最后作出比较正确的诊断。