传染病是由病原微生物侵入人体所引起的一类疾病，能在人群中引起局部的或广泛的流行。传染病的病理过程决定于病原微生物的性质和机体的反应，以及是否及时适当的治疗。
引起传染病的病原微生物有病毒、立克次体、支原体、细菌、真菌、寄生虫等。这些病原体的生物学特性不同，引起病变的机制不同，侵袭的器官也不同。病原体侵入机体的途径不同，如经皮肤、粘膜或由血液扩散至体内。有的病原体长期潜伏，有的进入体内即生长繁殖，产生对机体有害物质，影响机体局部或全身的功能和形态变化，引起疾病。
机体对入侵的病原体多有积极的反应。皮肤、粘膜对于病原体是第一道屏障，不但具有机械的隔离阻挡作用，尚有其它因素作用于病原体，如局部pH，分泌物的各种酶和分解产物，均不利于病原体的繁殖和侵袭。病原体进入体内后，机体的免疫应答系统即积极反应，调动细胞免疫和体液免疫，同时引起局部或全身的炎症反应。不同病原体引起病理改变的基本性质属于炎症范畴。因此传染病的局部和全身反应的变化规律和炎症的规律基本相同。随着病变的发展，临床也出现潜伏期、前驱期、发病期和愈复期。病变发展过程和病程及病原体的数量、毒力以及机体免疫功能和药物治疗有明显的关系。机体抵抗力强和治疗得当可以缩短病程和减轻损伤，否则病原体繁殖、播散，可造成严重的后果。
病原体引起细胞病变的机制不同，其方式有三：①病原体进入细胞内，直接引起细胞死亡；②病原体释放内毒素或外毒素杀伤细胞，或释放酶降解组织成分，或损伤血管引起缺血性坏死；③病原体引起机体免疫反应，进而由于免疫介导机制引起组织损伤。例如，病毒的致病机制是：藉其表面蛋白和机体细胞特种蛋白（受体）相结合而进入细胞，如EB病毒可连结在吞噬细胞的CR2蛋白上而进入细胞。进入细胞后，病毒的核酸（DNA或RNA）进行复制，影响宿主的核酸代谢，抑制其DNA、RNA和蛋白合成；病毒蛋白部分插入宿主细胞的质膜，引起直接损伤；病毒蛋白裸露在宿主细胞表面，引起机体免疫系统和淋巴细胞的攻击；病毒损伤宿主抗微生物能力，引起继发感染。细菌引起细胞病变乃依赖其粘附于宿主细胞和产生毒素。细菌毒素可引起全身性反应，如发热、白细胞增多、休克和巨噬细胞反应等免疫反应。同时肝、脾、淋巴结肿大，以及实质器官如心、肝、肾和神经系统的变性、坏死等。局部器官的病变和病原体种类、器官选择性及其毒素性质有关。
大多数传染病通过机体抵抗力增强和适当的治疗可获痊愈。如抵抗力差而又未获及时治疗，可以转为慢性或蔓延扩散，甚至引起死亡。
单凭病理形态学变化，常常不能对传染病作出及时的和特异的诊断，这是由于早期病变多系一种非特异炎症改变。因此必须结合病原的鉴定方能确诊。病原微生物的检查有病原体形态、病原体分离培养、代谢产物生化特性测定和免疫学方法等。这些方法常受标本取材、病程和治疗的影响，此外尚有操作繁复、费时较长的缺点。
90年代，分子生物学理论和方法引进病理学，形成了分子病理学。DNA探针技术已广泛应用于病理学的研究和诊断，用以诊断传染病可获得快速准确的结果。该方法乃采用病原体单股DNA小片段，以同位素、免疫酶标或荧光素标记，可以检出待查病原体相应的DNA（或基因），从而确诊。它有特异性强，灵敏度高，标本易取，操作简便、快捷等优点。方法学有液相分子杂交和原位杂交等，尤其对检测极微量病原体DNA片段，可应用聚合酶链反应（PCR），使其扩增几十万倍，使之易于检出。本章所叙述的几种传染病几乎全部可以用分子探针进行病原鉴定。