（一）淋巴细胞检测
虽然自身免疫病多与自身抗体有关，但仍有部分疾病不存在相关的自身抗体，而与致敏淋巴细胞有关，还可能与免疫调节异常或其他因素有关。这些相关因素的检测对疾病的诊断有一定的参考意义。
1．特异性致敏淋巴细胞在溃疡性结肠炎、外周神经炎及实验性变态反应性脑脊髓炎等疾病，可能与自身反应性致敏淋巴细胞有关。虽然这些淋巴细胞在疾病中的确切作用要比自身抗体的作用更难证实，但相关性本身也具有一定参考价值。
检测致敏淋巴细胞可用器官特异性抗原作诱导剂，进行淋巴细胞转化试验或吞噬细胞移动抑制试验等；皮肤试验也能反映机体致敏情况，但有诱导致敏性或诱发变态反应的危险。实验结果需结合临床或其他检查进行综合分析。
2．淋巴细胞数量及比例前已述及，在免疫缺陷病或免疫失调时容易发生自身免疫病，所以进行淋巴细胞数量及亚群比例的检查也有一定意义。检测内容包括淋巴细胞总数、T和B细胞分类计数及CD4/CD8亚群比例测定等。
（二）狼疮细胞试验
狼疮（LE）细胞是胞浆内含有大块状聚合DNA的中性粒细胞。狼疮病人血清中的抗核抗体可诱导LE细胞的形成，因此称为LE因子。用病人血清与正常人中性粒细胞一起培养，可使后者变成LE细胞。该试验称为狼疮细胞试验，试验过程更要3天连续重复进行。
系统性红斑狼疮病人有75％～80％呈阳性。在RA、硬皮病、部分肝炎、结节性动脉炎、多发性硬化症、皮肌炎和变态反应病等偶尔可呈阳性反应。现已证明至少有十几种药物可诱发LE细胞试验阳性。
（三）免疫复合物和补体检测
某些自身免疫病的活动期可出现循环免疫复合物增加及血清补体水平下降等情况，因此这两项检查对诊断部分疾病和判断疾病活动有一定意义。检测的方法多种多样，详见相关章节。