本草于知母、草果、乌梅、穿山甲皆言治疟。然知母性寒，入治足阳明独盛之火，使其退就太阳也；草果性温燥，治足太阳独盛之寒，使其退就阳明也。二味合和，则无阴阳交作之变，故为君药。常山主寒热疟，吐胸中痰结，故用为臣。甘草和诸药，乌梅去痰，槟榔除痰癖、破滞气，故用为佐。穿山甲以其穴山而居，遇水而入，则是出阴入阳，穿其经络于荣分，以破暑结之邪，故用为使。若脾胃郁伏痰涎，用之必效，苟或无痰，止是暑结荣分，独应足太阴血分热者，当发唇疮，此方无效。
《内经》诸病，惟疟最详。语邪则风、寒、暑、湿四气，皆得留着而病疟；语邪入客处所，则有肠胃之别，荣卫之舍，脊骨之间，五脏膜原与入客于脏者，浅深不一；语其病状，则分寒热先后；语寒热多寡，则因反时而病，以应令气生长收藏之。此皆外邪所致也。湿在脏者，止以风寒中于肾。瘅疟者，止以肺素有热。然冬令之寒得中于肾，其四脏令气之邪又宁无入客于所属脏乎？既肺本气之热为疟，则四脏之气郁而为热者，又宁不似肺之为疟耶？举例可知余也。陈无择谓内伤七情、饥饱、房劳，皆得郁而蕴积痰涎，其病气与卫气并则病疟。盖内外所伤之邪，皆因客在荣气之舍，故疟有止发之定期。荣气有舍，犹行人之有传舍也。荣卫之气日行一周，历五脏六腑十二经络，界分必有其舍，舍与邪合，合则阴盛，阴盛则阳虚，于是阴阳相并而病作。其作也，不惟脉外之卫虚并入于阴，《灵枢》所谓足阳明与卫俱行者亦虚，阳明之气虚，则天真因水谷而充大者亦暂衰，所以疟作之际禁勿治刺，恐伤胃气与其真也。必待阴阳并极而退，荣卫天真胃气继而复集，邪留所客之地，然后治之；或当其病未作之先，迎而夺之。先生谓∶疟邪得于四气之初，胃气弱者即病，胃气强者伏而不动。至于再感，胃气重伤，其病乃作。此为外邪，必用汗解。虚者先以参、术实胃，加药取汗。惟足属阴，最难得汗，汗出至足乃佳。取汗非特麻黄，但开郁通经，其邪热则散为汗矣。又云∶疟发于子后午前者，阳分受病，易愈；午后亥前者，阴分，难愈。必分阴阳气血药以佐之，观形察色以别之，尝从是法以治。形壮色泽者，病在气分，则通经开郁以取汗；色稍夭者，则补虚取汗。挟痰者，先实其胃一二日，方服劫药。形弱色枯则不取汗，亦不可劫，补养，以通经调之。形壮而色紫黑，病在血分，则开其涩滞。色枯者，补血调气。此其常也。至若取汗而不得汗，理血而血不开，非更求药，切中病情，直造邪所着处，安能愈乎？
一老人疟、嗽半载，两尺脉数有力，色稍枯，盖服四兽饮等剂，中焦湿热下流，伏结于肾，以致肾水上连于肺，故疟、嗽俱作。参、术、芩、连、升麻、柴胡调中一二日，与黄柏丸两日，夜梦交通。此肾热欲解，故从前阴精窍而走散。无忧也，次日疟、嗽顿止。
一富家子，年壮病疟，自卯足寒，至酉分方热，至寅初乃休，一日一夜止苏一时。因思必为入房感寒所致，问云∶九月暴寒夜半，有盗急起，不着中衣，当时足即冷，十日后疟作。盖足阳明与冲脉合宗筋会于气街，入房太甚则足阳明与冲脉之气皆夺于所用，其寒乘虚而入，舍于二经；二经过胫，会足跗上，于是二经之阳气益损，不能渗荣其经络，故病作，卒不得休。因用参、术大补，附子行经，加散寒以取汗。数日不得汗，病如前。因思足跗道远，药力难及，再以苍术、川芎、桃枝煎汤，盛以高桶，扶坐，浸足至膝，食顷，以前所服药饮之，汗出通身病愈。先生遇奇症，则设规矩，旁求曲会，施行以权。