一、解剖学及大脑的新知识
1、王清任在人体解剖学上的探索
元明以来，解剖学的事例和实际应用时有所见，如何一阳、王圻、沈彤等，皆有贡献。但中医的解剖学的伟大革新，是在王清任的大胆探索、躬身实践后才发生的。
长期以来，尊经祟古之风弥漫医界。人体解剖的知识唯以《内》、《难》是从。王清任却在研究《内经》、《难经》等之后认为：“古人脏腑论及所绘之图，立言处处自相矛盾”，他一反过去一些著作家从文献到文献的考订方法，必图亲视脏腑而为改正之说。无疑，这是躬身实践的科学态度。
当时王清任也只有观察的机会，而没有亲手解剖的可能。因此，他对刑杀囚徒进行反复的观察参照，并向有关人士请教，以求了解脏腑形态。
显然，王清任受到时代和礼教的局限甚大。他的创造力、探索的勇气和机会都受到挫折。这使他的《医林改错》没有达到预期的解剖学上的革命性成就。但他的怀疑精神、亲身观察的科学态度毕竟体现了中医发展的时代潮流，给后人以许多启迪相激励；另外他毕竟至少重绘了十三幅内脏解剖图，对会厌、气门、卫总管、营总管、气府、血府、津门、津管、遮食、总提、珑管、出水道等提出了新看法。这些从历史的角度来看，确是比较过去的医籍要准确。有不少且是过去医籍中从未描叙过的，例如肺的解剖，气管分支、肺泡及胸膜脏层等，虽名词与今不同，但结构大体正确。脾、胰、大小网膜等也是过去从未描述清楚的。王清任虽然仍是脾胰合一，但画出了胰管(珑管)，并说清了与肝、胃等之间的毗邻关系。
2、关于大脑功能的新知识
《内经》中关于大脑的功用，大抵是与耳目有关，未将大脑与神经中枢联系起来，也没有大脑主记忆的观念。一般仍以“心”为全身主宰。道教经典比较重视脑，但也仅述及其为“上丹田”、“泥丸宫”、“神舍”。
李时珍提出“脑为元神之府”，是一大进步。不过，大脑的主宰功能和记亿功能，均未作深入论述。
清初汪昂撰《本草备要》(1694)，在“辛夷”条下引用了李时珍“脑为元神之府”一语，并以同乡金正希所语证诸：
尝语余曰：人之记性皆在脑中，小儿善忘者，脑未满也；老人健忘者，脑渐空也，凡人外见一物，必有一形影留于脑中。”
王清任《医林改错》乃有“脑髓说”专论。他并且进一步批判了自古以来“灵机发于心”的错误，发挥了“脑主记忆”的理论，而且从大脑发育与五官功能的关系上阐明了脑主五官感知和指挥语言的功能。脑髓说大大完备了。他并且指出，“两耳通脑”、“两目即脑汁所生”、“鼻通于脑”。在一定程度上作了解剖学的说明。又以癫痫一症的症状用脑病理作解释，提出了“灵机在脑”的实际证据，使中医学关于大脑功能的认识大大提高。王清任的“灵机在脑”说是比之“脑主记忆”说更为提高了的。
二、诊断学
中医诊断学到了清代，在各科专著中均有新的见解，如薛己外科、夏禹铸儿科等，就一般而论，则于以下诸方面尤见长足进步。
首先是舌诊。清初康熙七年(1668)，名医张璐之子张登著成《伤寒舌鉴》一书，可谓是舌诊史上的重大发展。
此书以十六世纪下半叶申斗垣(拱辰)之《伤寒观舌心法》为底本，参入其父张璐治案所记，及他本人亲历经验，删一百三十七舌图为一百二十，分属于白苔、黄苔、黑苔、灰苔、霉酱色苔、红舌、紫舌、蓝舌等八类之中，末附妊娠伤寒舌苔一种。在总论之下，舌苔与舌质区分立论，根据额色的深浅、兼杂、润燥、偏全及形态等不同，逐一图形显示，叙其证，明其理，列其治，辨证详确，要言不理，医者观察对照竟可按图索“治”。
不过，此书仅论伤寒热病舌诊，删去杂病，终非完帙。至清末乃有刘以仁《活人心法》、梁玉瑜《舌鉴辨正》(1891刊)，辑为舌诊之集大成书，乃更为全备。四诊的其它方面，进步不如望诊显著，多为承先启后之著，但某些方面得到强调。例如喻昌之《医门法律》，有“闻声论”，强调呼吸的观察，对于掌握病情进展变化十分重要。石芾南之“闻声须察虚实论”(见《医原》)对闻声辨息的分析更为清楚且实用。
“燥邪干涩，声多厉仄，或干哕，或咳声不扬，或咳则牵痛，或干咳连声，或太息气短；化火则多言，甚则谵狂，其声似破传哑，听之有干涩不利之象。湿邪重浊，声必低平，壅塞不宣，如从瓮中作声音然，或默默懒言，或昏昏倦怠，或多嗽多痰，或痰在喉中，漉漉有声，或水停心下，汩汩有声，或多噫气，周身酸痛，沉重难展；化火则上蒸心肺，神志模糊，呢喃自语，或昏迷沉睡，一派皆重浊不清之象，流露于呼吸之间。他如出言壮厉，先轻后重者，外感也；先重后轻者，内伤也；妄见妄言为语，无稽狂叫为妄言，实也。……虚实两途，阴阳异治。然则闻声之道，顾不重哉!经故曰：闻而知之之渭圣。”
问诊方面喻昌颇有发明。对于问诊方法的注意点，他说得很有道理：
包括对过去史、现在史的询问，及避免诱导性发问、不轻信第三者等，皆与现代医学的问诊原则一致。
蒋示吉，其于问诊的方法，尤见细密详尽、浅近适用，于临床家尤感便利，使辨证分析，有可靠根据踪迹可寻。
切诊方面，也有所充实。如明·王绍隆传、清·潘楫增注的《医灯续馅》(1652)，汇各家脉学参注，结合自己经验及见解，联系各科病证阐述脉理治法，内容颇为详备而切合临床。又有李中梓之侄辑撰《脉诀汇辨》(1664)，提出“脉学六要”：即辨析相类之脉；对举相反之脉；熟悉兼至之脉；察定平常本脉；准随时令变脉；确认真藏绝脉。对于医生临床辨脉确有提纲挈领和警策作用。至若贺升平辑之《脉要图注详解》(1783)黄宫绣《脉理求真》(十九世纪初)、周学霆《三指弹》(1827)，也为闻述脉学著作，均能联系病因症治，并示之以学习、运用之法度，不谓无益。
三、医学史著述及资料
作为基础医学理论研究的一个方面，清代于医史资料纂集、考证、评论等方面，有较明显的进步。例如《古今图书集成·医部全录》蒋廷锡等编纂，刊于1723年，其“医术名流列传”，以辑清初以前著名医学家传记共1200多则，为空前的全帙；而其选辑的艺文、纪事、杂论、外编等内容，亦多可作为医史资料参考，反映出不同时代医学面貌的一个侧面。而王宏翰所撰《古今医史》(1697年刊)，所记古今医家传略对古来神怪传说多所纠正，亦属难能可贵。至若徐大椿《医学源流论》，内多评骘古今医家、医著之文，言简而赅，切中肯綮，实可以短篇医史论文视之。复有王丙、字朴庄，于《吴医汇讲》卷九刊发“考正古方权量说”，对自古以来方书所用剂量从不同时代度量衡变迁角度及临床实际情况予以一一考证，既甚有益于临床，又为医学史的权量变迁源流论文，颇具科学性。清代又有许多医家、医话类著作，其中对医史文献资料等内容亦每多涉及，反映出医家们普遍对医史研究的重视和新的兴趣，此实是医学史作为一门新的科学必将脱颖而出的前奏。