一、药物学
整个清代，虽然难以找出具有划时代意义的药物学杰作，但也异常繁荣，至少在本草著作的数量上空前多，种类空前丰富。
(一)赵学敏的《本草纲目拾遗》
在医学史上，但凡一部伟大著作产生之后，往往会伴随着产生众多的后续性著作。在《本草纲目》众多后续性著作中，成就最大的无疑是清代赵学敏的《本草纲目拾遗》。赵学敏一成中写过大量有关医药方面的著作，其中的《升降秘要》和《药性玄解》是介绍炼丹方法的，实际上是研究制药化学的专著；《本草话》是辨别药物真伪和产地的专著；《花药卜名录》专载药物别名和隐名；《奇药备考》是补充明代高廉所著《珍异药品》的著作。可惜这些著作都已散佚无存。赵学敏毕生心血在药物方面只留下《本草纲目拾遗》10卷尚流传于世。
《本草纲目拾遗》的主要贡献在于，他总结了《本草纲目》之后药物学发展的成就。全书载药921种，其中的716中为《本草纲目》所未载。这一数字超过了古代任何一部本草著作所新增添的药物数，对李时珍的错误或不妥之处加以订正。如《本草纲目》载铅粉辛寒无毒，世人“皆仍其误”，危害匪浅，赵学敏根据实地考查，证明这是错误的，并加以纠正。赵学敏对民间医药知识极为重视，他深入到民间劳动群众当中，虚心学习求教，采集了许多简、便、廉的草药和单方。如鸡血藤舒筋活络、鸦胆子治冷痢、千里光治疮、鹧鸪菜驱蛔虫、臭梧桐治头风、六月霜解暑毒等等都直接来源于民间经验。他还记载了清以来传入的药物知识，如治疗疟疾的金鸡勒、治疗咽喉肿痛的胖大海、外用的日精油及东洋参、西洋参、烟草等等。还记载了一些西药如消强水、刀创水、冲鼻水等。赵学敏编纂医药著作的目的是“可济于世”，因而他治学态度极为严谨。因此《本草纲目拾遗》有很高的科学价值，是清代新内容最丰富的本草著作之一，代表了清代本草学的最高成就。
(二)尊经复古思潮下的本草著作
从明代缪希雍《本草经疏》起，明清在药物理论探讨上出现了新的变更，其中有言本草必宗《本经》的尊经派，着力阐发《神农本草经》的药物机理；有致力于《神农本草经》原文的辑复工作的；还有以张仲景所用药物为研究对象，注疏“经方”药物的。这种尊经复古倾向的产生与清代整个医学界的复古思潮有关，与清政府禁固思想文化而产生的乾嘉考据学风也有关。
1、注疏《神农本草经》药物为主的本草著作
《本草祟原》为张志聪的未完稿，经其门人高士继续完成。他们从药物生成、形色性味及与病因病机之间的关系入手分析药理，切于实际，通俗易晓。
清代中叶另有姚球撰有《本草经解要》一书，论药着重在“药与症相应”。把药物气味功效与人体脏腑功能紧密结合，与《本草祟原》殊途同归。
乾隆年间著名医家除大椿撰集了《神农本草经百种录》，从辨药物之形气监督来探讨药性，研讨精深，多有新意。他针对当时一些不明药性、滥用药品的时弊予以抨击。
陈修园撰写《神农本草经读》时常结合张仲景用药法，并结合自身丰富的临床经验，颇有建树。综上各家的共同特点都是在理论上尊经崇古，但由于以上著作多出于临床经验丰富的名医之手，故有不少宝贵的用药经验体会，颇有新的见地，所以流传较广。
2、对《神农本革经》等的辑复工作
《神农本草经》的辑佚始于南宋，至明代有卢复辑佚本。清代受考据学的直接影响，一些经学家把其余力用在本草著作上，出现了一股小小的辑佚热潮，孙星衍、孙冯翼所辑《神农本草经》是各种辑佚本中较突出的一部。孙星衍是清代著名考据学家，孙冯翼是他的学生，仰仗他们渊博的学识、丰富的资料和严谨的学风，二孙辑本受到广泛重视，多次翻刻，影响较大。此后顾观光在《神农本草经》药物校勘和考证方面下了一定功夫，辑为新的本子，但其编排次序取自《本草纲目》所列《本经》目录，未为允当。
此外清代对《吴普本草》、《雷公炮炙论》、《新修本草》都作了初步辑复工作。
3、注疏经方药物为主的本草著作
清代部分尊经复古者专门讨论《伤寒论》、《金匮要略》两部经典中的药物。黄元御《长沙药解》，取张仲景方书中161味药，探讨张仲景治病用药机理。其特点是将论病与用药议方结合起来，间附个人见解，对当时医学中的流弊也多加针砭。
邹澍将张仲景所用173味药予以疏证，编成《本经疏证》。该书将药物分为三品，除注疏药性外，还在毒药下论述了药物基原，其特点是结合个人体会，把药、方、病结合起来论述。
此外还有周岩《本草恩辨录》吴槐绶《南阳药证汇解》和田伯良《神农本草经原文药性增解》也都着眼于张仲景用药法的研究。
(三)《本草述》及后续著作
清初节纂改编《本草纲目》的著作中，刘若金的《本草述》影响较大。他将《本草纲目》进行了删节修订，在80岁上撰成《本草述》一书。书共32卷，编排顺序、药品基本上都取自《本草纲目》大量吸收宋元以来医家有关论述。该书论药以谈论药性药效及药理入手，常于略引前人论说之后，附以大篇阐释，对有些药物解说辨析入微，颇有见地。
该书一问世，颇受欢迎。嘉庆间杨时泰对其进行删节修订，增加了药物基原、产地、性味、主治等内容，使一部原为专述药性的著作，一变成为适于临床应用的书籍，命名为《本草述钩玄》。
在《本草述》基础上改编而成的，还有陈其瑞的《本草撮要》，全书以药为经，以方为纬；体裁与《本草述钩玄》相类似。另有张琦依据《本草述》节录的《本草述录》。其后蒋溶又在张琦节本基础上再加辑补，成《萃金裘本草述录》。张琦学生包诚在张琦节本药物基础上，以十二经络为经，十剂为纬，列成《十剂表》。
(四)普及性本草著作
在清代400余部本草著作中，普及性本草书籍竟占大半，这不能说是完全正常的，但普及性本草著作中仍不乏高水准之作。
清代流行最广的普及性本草著作是汪昂的《本草备要》。他以《本草纲目》和《神农本草经疏》为基础加以综合节要而成。该书最大特点是实用，所选400种药物皆常用之品；另一特点是通俗，解说简明扼要，易懂易记。
吴仪洛的《本草从新》是《本草备要》的增补本。共录药物720种。分类编次悉同《本草备要》。补充了许多未见于本草著作记载的民间药材。在药物识别上他也根据体会予以记述，其次在产地、道地药材、炮灸等方面都有新的见解。
其它如郭佩兰的《本草汇》、张璐的《本草逢原》、黄宫绣的《本草求真》等等也各有特色。
二、方剂学
清代方剂学与药物学有类似的特点，即数量众多，内容丰富，且多短小精悍，适于应用。同时对理法方药和方剂配合意义的研究已更为普遍，水准也不断提高。
清代在方剂学方面影响最大的著作要首推汪昂的《医方集解》。该书在分类编排上打破了过去方书以病症分类的传统，而采用根据方剂功效分门别类的方法，按补养、涌吐、发表、攻里、表里等21门归纳诸方。这样既便于查阅，又避免了重复。每一具体医方又分项分别论述介绍组成、方解、附方等，条理清晰，眉目分明。这种方法一直沿用至今。其次选方精炼。该书选取正、附方各300余首，选取原则是“诸书所共取，人世所常用”。由小见大，有精见博。所选方剂皆药味简洁，药物平易者，便于实用。书中虽有少数峻猛之剂，亦为攻坚夺病所必需者，而对冷僻，专治奇症怪病或药味超过20味以上者，则不收录。其三议论有独到见解，该书中作者个人发明则以“昂按”标明。作者每每对待学术上的争鸣直陈己见，影响深远。
吴仪洛鉴于《医方考》和《医方集解》各具优缺点，综合二书内容，进行了删改补充，编成《成方切用》一书，影响亦较广。
在清代众方书中独树一帜的还有赵学敏的《串雅》内外编。这是一部民间‘走方医’(铃医)的医术方药经验汇编。赵学敏是一位独具慧眼的科学家，将走方医的秘不传授的秘方整理保存下来。全书载方贯穿“贱、便、廉”的原则，高度评价走方医的截、顶、串三da法。记载了许多卓有疗效的经验，如吴茱萸末贴足心治咽喉肿痛、鸡血治娱蚣咬伤等等，至今仍在临床使用。
费伯雄著《医方论》4卷，根据《医方集解》方剂次序，逐方予以评述。王翊的《万全备急方》多取山野常见草药，适于僻壤穷苦之人。宋鸿雪的《方便方》，选古今名医经验单方汇集而成。陶承熹的《惠直堂经验方》取祖父、外祖父平生所集录的验方及他本人二十年间在各地所闻所得的各种成方。徐大椿把《伤寒论》中各方分成桂枝类、麻黄类、葛根类等十二类，以简驭繁，纲举目张，著成《伤寒类方》、许宏《金镜内台方议》也专为阐发张仲景方义而作。清代较有影响的方书还有王子接《绛雪园古方选注》、王孟英的《潜斋简效方》、年希尧《集验良方》、何梦瑶《医方全书》等等不可胜计。
以歌诀形式普及方剂内容的著作在清代也有很多，如汪昂的《汤头歌诀》选方290首，编成200余首七言歌诀，每首歇诀之下还有简要注释。该书亦流行甚广。陈修园编有《长沙方歌括》、《金匮方歌括》、《时方歌括》等。